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이준수 (연세대학교) 여윤구 (연세대학교) 노홍찬 (연세대학교) 윤영미 (가천대학교) 박상현 (연세대학교)
저널정보
한국정보기술학회 한국정보기술학회논문지 한국정보기술학회논문지 제12권 제7호(JKIIT, Vol.12, No.7)
발행연도
2014.7
수록면
145 - 154 (10page)
DOI
10.14801/kiitr.2014.12.7.145

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최근 들어 차세대 시퀀싱(Next Generation Sequencing) 기술이 발전함에 따라 서열데이터의 생산량이 기하급수적으로 늘어나고 있다. 이렇게 급증한 차세대 시퀀싱 데이터를 처리하기 위해 많은 서열정렬 알고리즘이 등장했다. 하지만 많은 서열 데이터를 저장하고, 처리하는데 싱글 머신에서 동작하는 서열알고리즘은 한계가 있다. 이후 분산처리 시스템이 등장함에 따라 서열정렬 알고리즘은 분산에서 효율적으로 처리할 수 있게 되었다. 본 논문에서는 유전학(Genomics)에서 가장 널리 사용되고 있는 서열정렬 알고리즘을 사용하는 분산처리 시스템기반 알고리즘에 대해서 소개하고, 최근 등장한 새로운 분산처리 시스템과 생물정보학 관련 알고리즘의 특성을 분석해 기존 알고리즘의 문제점을 지적하고, 향후 연구 방향에 대해서 제시하였다.
#next generation sequencing(NSG) #sequence alignment algorithm #distributed system #in-memory cluster

목차

요약
Abstract
Ⅰ. 서론
Ⅱ. 관련 연구
Ⅲ. 분산처리시스템에서 사용되는 서열정렬 알고리즘
Ⅳ. 트리니티
Ⅴ. 분석 및 결론
References

참고문헌 (16)

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1. [학술지(정기간행물)] - Dean J. / 2008 / MapReduce : simplified data processing on large clusters / Commun. ACM : 107 ~ 113 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - Schatz MC / 2009 / CloudBurst : highly sensitive read mapping with MapReduce / Bioinformatics 25 : 1363 ~ 1369 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - Nguyen T / 2011 / CloudAligner:a fast and full-featured MapReduce based tool for sequence mapping / BMCResNotes 4 : 171 ~ google schola 4. [학술지(정기간행물)] - Langmead B. / 2009 / Searching for SNPs with cloud computing / Genome Biolgy 10 : R134 ~ google schola 5. [학술지(정기간행물)] - Langmead B / 2010 / Cloud-scale RNAsequencing differential expression analysis with Myrna / Genome Biol 11 : R83 ~ google schola

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