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학술저널
저자정보
Hongkyung Kim (Yonsei University College of Medicine) Dongju Won (Yonsei University College of Medicine) Saeam Shin (Yonsei University College of Medicine) Seung-Tae Lee (Yonsei University College of Medicine) Jong Rak Choi (Yonsei University College of Medicine)
저널정보
대한임상검사정도관리협회 Journal of Laboratory Medicine And Quality Assurance Journal of Laboratory Medicine And Quality Assurance Vol.43 No.2
발행연도
2021.1
수록면
65 - 71 (7page)

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Next-generation sequencing is widely used to detect a variety of genetic defects in many disorders. The detection of somatic variants in patients with cancer, including hematologic malignancy, is important for diagnosis, treatment, and prognosis. However, due to the complicated process, accurate and reliable detection of somatic variants by next-generation sequencing remains challenging. We investigated the proficiency tests conducted by the Korean Association of External Quality Assessment Service from 2018 to 2020 and their effects on the analytical performance of clinical laboratories. During the 3-year study period, six rounds of proficiency tests were conducted. In each round, the participating laboratories were required to report Tier I/ II somatic variants detected from electronic data and a DNA specimen. The analytical performance was evaluated by calculating the acceptance rate for each genomic position investigated. The possible causes of ‘nonevaluable’ and ‘unacceptable’ variants were also explored. Among the six rounds of proficiency tests, the acceptance rates for all tested variants were above 80% and acceptance rates of 100% were identified in more than half of the variants in the target regions. Issues of variant classification and falsenegative variants were addressed through the analysis of ‘non-evaluable’ variants. The significant causes of ‘unacceptable’ variants were identified as wrong protein or nucleotide numbering. In conclusion, the proficiency tests demonstrated the good analytical performance of the participating clinical laboratories. Although the findings identified some problems awaiting solutions, the proficiency tests may help clinical laboratories to improve their performance in detecting somatic variants by next-generation sequencing.
#Laboratory Proficiency Testing #External quality assurance #Nextgeneration sequencing #Somatic variant

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