Complete genome sequence of Sphingobacterium sp. SRCM116780, a high vancomycin resistant bacterium, isolated from rice paddy soil

Hee Gun Yang; Ji Won Seo; Gwangsu Ha; Jinwon Kim; Myeong Seon Ryu; Do-Youn Jeong; Hee Jong Yang

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자료유형: 학술저널

저자정보: Hee Gun Yang (Microbial Institute for Fermentation Industry) Ji Won Seo (Microbial Institute for Fermentation Industry) Gwangsu Ha (Microbial Institute for Fermentation Industry) Jinwon Kim (Microbial Institute for Fermentation Industry) Myeong Seon Ryu (Microbial Institute for Fermentation Industry) Do-Youn Jeong (Microbial Institute for Fermentation Industry) Hee Jong Yang (Microbial Institute for Fermentation Industry)

저널정보: 한국미생물학회 미생물학회지 미생물학회지 제60권 제2호

발행연도: 2024.6

수록면: 107 - 111 (5page)

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Sphingobacterium sp. SRCM116780은 순창군 논 토양에서 분리하였으며, vancomycin에 대하여 높은 저항성을 나타내었다. SRCM116780 균주의 전장유전체 염기서열은 PacBio RS II와 Illumina HiSeq platform으로 분석하였고, 137.0x의 genome coverage를 통해 4.3 Mb의 길이를 나타내며, 35.5mol%의 GC 함량을 가지는 환형 구조를 나타내었다. 총 3,687개의 유전자 중 3,578개의 protein coding gene과 102개의 RNA genes (22 rRNA, 77 tRNA, 3 non-coding RNA), 7개의 pseudo genes의 유전자 구성을 가지는 것을 확인하였다. 3,578개의 protein coding gene 중 3,404개의 유전자가 기능이 알려져 있으며, vancomycin 저항성 유전자(vanW) 및 다제내성 유전자(mdtK), colistin 저항성 유전자(emrA) 등과 같은 방어 메커니즘과 관련된 67개의 유전자를 가지고 있음을 확인하였다.

#Sphingobacterium #complete genome sequence #vancomycin resistance

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Cheng JF, Guo JX, Bian YN, Chen ZL, Li CL, Li XD, and Li YH. 2019. Sphingobacterium athyrii sp. nov., a cellulose- and xylan-degrading bacterium isolated from a decaying fern (Athyrium wallichianum Ching). Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 69, 752–760.

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Courvalin P. 2006. Vancomycin resistance in Gram-positive cocci. Clin. Infect. Dis. 42, S25–S34.

He W, Guo J, Guo H, An M, Huang W, Wang Y, and Cai H. 2019. Sphingobacterium puteale sp. nov., isolated from a deep subsurface aquifer. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 69, 3356–3361.

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