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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
이경훈 (서울시립대학교) 백은옥 (한양대학교) 나승진 (한양대학교)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 제39권 제10호
발행연도
2012.10
수록면
824 - 832 (9page)

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질량분석법을 이용하는 프로테오믹스 연구에서는 먼저 시료 내의 단백질을 펩타이드로 절단한 다음, 질량 분석기를 이용해서 펩타이드의 질량 스펙트럼을 얻는다. 이렇게 얻어진 질량 스펙트럼은 펩타이드 이온의 질량을 전하량으로 나눈 값(m/z)에서 그 펩타이드가 얼마나 많이 나타났는지를 의미하는 intensity로 구성된다. 그런데 자연계에 분포하는 동위원소의 존재로 인해 펩타이드는 하나의 질량으로 결정되지 않고, 동위원소의 구성 비율에 따라 다양한 질량을 보이는데 이를 동위원소 분포(isotopic distribution)라 한다. 이런 isotopic distribution을 결정하는 것은 질량분석 데이터를 해석하는 첫 단계라고 할수 있으나 정확한 분포를 구하는 것은 많은 계산량을 요구한다. 이 논문에서는 isotopic distribution의 확률 모델을 근사시켜 정확도를 희생하는 대신, 계산량을 대폭적으로 줄여 계산의 속도를 향상시킨 알고리즘을 구현하였다. 그리고 이 근사 알고리즘이 중수소치환 실험결과를 분석하여 얻어진 결과를 검증하는 소프트웨어의 개발에 응용될 수 있음을 보였다.
#프로테오믹스 #질량분석 #동위원소 #중수소치환 #단백질 #펩타이드 #근사 알고리즘 #proteomics #mass spectrometry #isotope #HDX #protein #peptide #approximate algorithm

목차

요약
Abstract
1. 연구소개
2. 연구방법
3. 연구결과
4. 결론
참고문헌

참고문헌 (11)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - H. Steen / 2004 / THE ABC's (and XYZ's) of peptide sequencing / Nat. Rev. Mol. Cell Biol 5 : 699 ~ 711 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - R. E. John / 2009 / Analysis of Protein Conformation and Dynamics by Hydrogen/Deuterium Exchange MS / Anal. Chem 81 (19) : 7870 ~ 7875 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - L. S. Busenlehner / 2005 / Insights into enzyme structure and dynamics elucidated by amide H/D exchange mass spectrometry / Arch. Biochem. Biophys 433 : 34 ~ 46 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - D. L. Smith / 1998 / Local structure and dynamics in proteins characterized by hydrogen exchange and mass spectrometry / Biochemistry 63 : 285 ~ 293 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - D. L. Smith / 1997 / Probing the non-covalent structure of proteins by amide hydrogen exchange and mass spectrometry / Mass Spectrom 32 : 135 ~ 146 google schola

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