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논문 기본 정보

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학술저널
저자정보
Hae-Won Choi (경운대학교) Sang-Jin Kim (경운대학교) Su-Young Pi (대구가톨릭대학교)
저널정보
한국산업정보학회 한국산업정보학회논문지 한국산업정보학회논문지 제17권 제6호
발행연도
2012.12
수록면
41 - 50 (10page)

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This paper presents a new sequence alignment method using the divide approach, which solves the problem by decomposing sequence alignment into several sub-alignments with respect to exact matching subsequences. Exact matching subsequences in the proposed method are bounded on the generalized suffix tree of two sequences, such as protein domain length more than 7 and less than 7. Experiment results show that protein sequence pairs chosen in PFAM database can be aligned using this method. In addition, this method reduces the time about 15% and space of the conventional dynamic programming approach. And the sequences were classified with 94% of accuracy.
#suffix tree #DNA sequence alignment #divide method #dynamic algorithm

목차

Abstract
1. Introduction
2. Related Works
3. Divide Alignment Method
4. Classification Analysis
5. Conclusion
References

참고문헌 (23)

참고문헌 신청
1. [단행본] - David W. / 2001 / Bioinformatics, sequences and Genome Analysis / MOUNT Press google schola 2. [학술지(정기간행물)] - 오윤신 / 2009 / Identification of 1,531 cSNPs from Full-length Enriched cDNA Libraries of the Korean Native Pig Using in Silico Analysis / Genomics & Informatics 7 (2) : 65 ~ 84 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - Audry P. G. / 2004 / Conservation and Evolution of Cis-Regulatory Systems in Ascomycete Fungi / PLOS Biology 2 (12) : 398 ~ 405 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - Josue Samayoa / 2011 / Identification of prokaryotic small proteins using a comparative genomic approach / Bioinformatics 27 (13) : 1765 ~ 1771 google schola 5. [학술대회논문] - Chan Park / 2009 / Design and Implementation of Bio-Medical Data Measurement System through the Stereo Microscope / Korea Contents Association KISTI-KOCON ICCC2009 7 (2) : 357 ~ 360 dbpia

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