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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 제19권 제5호
- 발행연도
- 2013.5
- 수록면
- 229 - 234 (6page)
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최근 단백질-RNA 복합체의 구조가 많이 알려짐에 따라 단백질에서의 RNA-결합부위를 예측하는 연구가 수행되었으나, 단백질과 상호작용하는 상대방 RNA를 전혀 고려하지 않기 때문에 상호작용하는 RNA가 달라져도 주어진 단백질에 대하여 항상 동일한 결합부위를 예측하는 단점이 있다. 한편, 단백질 서열에서의 RNA-결합부위 예측 연구와 달리, RNA 서열에서의 단백질-결합부위 예측 연구는 거의 수행되지 않았다. 본 논문은 RNA와 단백질 정보를 모두 사용하여, 단백질과 결합하는 RNA 염기를 예측하는 기법과 초기 결과를 논한다. support vector machine (SVM)을 이용하여 예측 모델을 개발하였고 RNA 서열의 전체적인 특징, 개별적인 염기의 특징, 염기 triplet과 아미노산의 결합 성향, 결합 상대방인 단백질의 특성 등을 특징 벡터에 표현하였다. SVM 예측모델을 3,149개 RNA-단백질 서열 쌍에 시험한 결과, 92.2% 민감도, 77.8% 특이도, 85.0% 정확도를 보였다.
목차
요약
Abstract
1. 서론
2. 데이터 선정과 특징 선택
3. 시험 및 평가
4. 결론
참고문헌
참고문헌 (12)
참고문헌 신청
L. Wang / 2006 / BindN: a web-based tool for ecient prediction of DNA and RNA binding sites in amino acid sequences / Nucleic Acids Res 34:243~248
M. Terribilini / 2006 / Prediction of RNA binding sites in proteins from amino acid sequence / RNA 12:1450~1462
M. Terribilini / 2007 / RNABindR: a server for analyzing and predicting RNA-binding sites in proteins / Nucleic Acids Res 35:578~584
R. V. Spriggs / 2009 / Protein function annotation from sequence : prediction of residues interacting with RNA / Bioinformatics 25:1492~1497
S. Choi / 2011 / Prediction of RNA-binding amino acids from protein and RNA sequences / BMC Bioinformatics 12
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