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대한바이러스학회 JOURNAL OF BACTERIOLOGY AND VIROLOGY 大韓바이러스學會誌 제26권 제2호
발행연도
1996.12
수록면
251 - 258 (8page)

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The V3 loop, a hypervariable domain of envelope glycoprotein, has an essential role in viral infectivity and has a major epitope for type-specifie neutralizing antibody. In order to investigate genetic diversity of V3 region of gp120 of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolated from Korean patients, DNA sequences encoding the C2 to V3 region were amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) from uncultured peripheral blood mononuclear cells obtained from 15 HIV-1 seropositive patients and nucleotide sequences were determined. All nucleotide sequences from fifteen patients were compared with 8 distinctive subtypes (A-H) and another subtype O. Phylogenetic analysis was carried out with PHYLIP ver 3.5 (Dnapars) program. Of the 15 isolates, 14 HIV-1 subjects were clustered with subtype B, while one was clustered with subtype C. Intra-subtype B distance at the nucleotide and deduced amino acid level were maximum 17.7% and 37.0%, respectively. Intra-patient distance at the nucleotide and deduced amino acid level were maximum 7.3% and 17.8%, respectively. Analysis of the nucleotide sequences revealed that Korean types have relatively well conserved sequences. These findings could be useful for assessing the source of infection and developing an AIDS vaccine.
#HIV #V3 loop #Subtype #Phylogenetic analysis

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