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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
임지혁 (서울대학교) 김선 (서울대학교) 박근수 (서울대학교)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers Journal of KIISE Journal of KIISE Vol.45 No.3
발행연도
2018.3
수록면
200 - 210 (11page)
DOI
10.5626/JOK.2018.45.3.200

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여러 DNA 리드 시퀀스가 주어졌을 때, de novo 시퀀스 어셈블리는 레퍼런스 시퀀스 없이 하나의 시퀀스를 재조립한다. 재조립을 위해 de novo 시퀀스 어셈블리는 리드 사이의 모든 겹침을 계산하는 overlap 단계가 필요하다. Overlap 단계는 전체 연산 중 비용이 가장 많이 들기 때문에 어셈블리의 계산성능을 좌우한다. 여러 분야에서 overlap 단계를 위한 연구가 많이 발표되고 있는데, 그 중 가장 최신의 세 연구 결과는 Readjoiner, SOF, Lim-Park 알고리즘이다. 최근 염기 분석기술의 큰 발전으로 DNA 리드 데이터 셋을 기존보다 저비용으로 대량 생산하는 것이 가능해져 DNA 리드 데이터 셋을 생성하는 여러 플랫폼들이 개발되었다. 각 플랫폼마다 생성하는 데이터 셋의 통계적 특성이 다르기 때문에 overlap 단계의 성능 평가 시 다양한 통계적 특성의 데이터 셋이 반영되어야 한다. 본 논문은 여러 통계적 특성을 가진 DNA 리드 데이터 셋을 이용하여 위의 세 알고리즘의 성능을 비교 분석한다.
#de novo 시퀀스 어셈블리 #overlap 단계 #the all-pairs suffix-prefix 문제 #성능 실험 분석 #de novo sequence assembly #overlap phase #the all-pairs suffix-prefix problem #experimental analysis of performance

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. Overlap 단계의 최근 연구 결과
3. 최근 연구 결과 성능의 실험적 분석
4. 결론
References

참고문헌 (26)

참고문헌 신청
E.W. Myers, The fragment assembly string graph, Bioinformatics, Vol. 21, No. suppl 2, pp. 79-85, 2005. G. Gonnella and S. Kurtz, Readjoiner: a fast and memory efficient string graph-based sequence assembler, BMC Bioinform., Vol. 13, No. 1, pp. 82, 2012. D. Gusfield, G.M. Landau and B. Schieber, An efficient algorithm for the all pairs suffix-prefix problem, Inform. Process. Lett., Vol. 41, No. 4, pp. 181-185, 1992. E. Ohlebusch and S. Gog, Efficient algorithms for th all-pairs suffix-prefix problem and the all-pairs substring-prefix problem, Inform. Process. Lett.,　 Vol. 110, No. 3, pp. 123-128, 2010. W.H. Tustumi, S. Gog, G.P. Telles and F.A. Louza, An improved algorithm for the all-pairs suffixprefix problem, J. Descrete Algorithms, Vol. 2, No. 1, pp. 53-86, 2016.

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