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논문 기본 정보

자료유형
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저자정보
저널정보
대한의료정보학회 Healthcare Informatics Research Healthcare Informatics Research 제10권 제3호
발행연도
2004.1
수록면
347 - 353 (7page)

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Objective:Gene expression microarrays become a widely used tool in biomedicine. With growing needs of microarray data sharing, there are efforts for the development of microarray standards. MAGE-OM(Microarray Gene Expression Object Model) is a data exchange model and MAGE-ML is an XML-based data exchange format. Most database, however, do not have a suitable structure for MAGE-ML storage and maximum use of the data. Therefore, we have created relational database implementing MAGE-OM for the storage of MAGE-ML with importing and exporting capabilities. Methods:A relational schema is derived from MAGE-OM with simple object-relational mapping strategy to reduce complexity of MAGE-OM. Data transfer between database and MAGE-ML document is performed via MAGE-OM using the MAGE Software Toolkit(MAGEstk). Results:Our database accepts microarray data as MAGE-ML files through web-based interface, classifying into two types of submission, array or experiment. MAGE-ML import-export function is flexible to accommodate changing data model by separating model definition and implementation layers. Conclusion:Standard-based implementation of gene expression database enhances the collection and the structured storage of large-scale gene expression data from heterogeneous data sources.
#MAGE-OM #MAGE-ML #Microarray #Database #Relational Model

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/ / MGED - Microarray Gene Expression Data Society google schola / 2002 / Design and implementation of microarray gene expression markup language RESEARCH00460046.9. (9) : 1 ~ 0046.9. google schola / 2002 / Microarray databases: standards and ontologies : 469 ~ 73 google schola / 2003 / A Survey on Efficient XML Storage Methods over Various Repository 19 ((1):) : 1 ~ 14 google schola / 2003 / ArrayExpress - a public repository for microarray gene expression data at the EBI 31 ((1):) : 68 ~ 71 google schola

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