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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제15권 제6호
발행연도
2005.1
수록면
1,377 - 1,383 (7page)

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In a cDNA microarray experiment using Cy3 andCy5 as labeling agents, particularly for the direct design,cDNAs from some genes incorporate one dye more efficientlythan the other, which is referred to as the gene-specific dyebias. Dye-swaps, in which two dyes are switched on replicatearrays, are commonly used to control the gene-specific dyebias. We developed a simple procedure to extract the genespecificdye bias information from a partial dye swap experiment.We detected gene-specific dye bias by identifying outliers inan X-Y plane, where the X axis represents the average logratiofrom two sets of dye swap pairs and the Y axis exhibitsthe average log ratio of four forward labeled arrays. We usedthis information for detecting differentially expressed genes,of which the additionally detected genes were validated byreal-time RT-PCR.
#cDNA microarray #differentially expressed genes #direct design #dye-swap #gene-specific dye bias #statistical methods

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/ 1985 / Cloning of the cytotoxinhemolysingene of Vibrio vulnificus : 922 ~ 924 google schola / 2000 / Bacterial quorumsensing in pathogenic relationships : 4839 ~ 4849 google schola / 2000 / Epidemiology andpathogenesis of Vibrio vulnificus : 177 ~ 188 google schola / 2001 / Issues in cDNA microarray analysis models of variations andassessment of gene effects : 2549 ~ 2557 google schola / 2001 / Missing value estimation methods for DNA microarrays : 520 ~ 17 525 google schola

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