Comparative Study of the Nucleotide Bias Between the Novel H1N1 and  H5N1 Subtypes of Influenza A Viruses Using Bioinformatics Techniques

안인성; 손현석

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자료유형: 학술저널

저자정보: 안인성 손현석

저널정보: 한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제20권 제1호

발행연도: 2010.1

수록면: 63 - 70 (8page)

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Novel influenza A (H1N1) is a newly emerged flu virus that was first detected in April 2009. Unlike the avian influenza (H5N1), this virus has been known to be able to spread from human to human directly. Although it is uncertain how severe this novel H1N1 virus will be in terms of human illness, the illness may be more widespread because most people will not have immunity to it. In this study, we compared the codon usage bias between the novel H1N1 influenza A viruses and other viruses such as H1N1 and H5N1 subtypes to investigate the genomic patterns of novel influenza A (H1N1). Totally, 1,675nucleotide sequences of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A virus, including H1N1 and H5N1 subtypes occurring from 2004 to 2009,were used. As a result, we found that the novel H1N1influenza A viruses showed the most close correlations with the swine-origin H1N1 subtypes than other H1N1viruses, in the result from not only the analysis of nucleotide compositions, but also the phylogenetic analysis. Although the genetic sequences of novel H1N1 subtypes were not exactly the same as the other H1N1 subtypes, the HA and NA genes of novel H1N1s showed very similar codon usage patterns with other H1N1 subtypes, especially with the swine-origin H1N1 influenza A viruses. Our findings strongly suggested that those novel H1N1 viruses seemed to be originated from the swine-host H1N1 viruses in terms of the codon usage patterns.

#Influenza A virus #novel H1N1 subtype #H5N1subtype #base composition #genomics

참고문헌 (21)

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Ahn, I / 2006 / Genomic analysis of influenza A viruses, including avian flu (H5N1) strains / Eur. J. Epidemiol 21 : 511 ~ 519

Ahn, I / 2007 / Comparative study of the hemagglutinin and neuraminidase genes of influenza A virus H3N2, H9N2, and H5N1 subtypes using bioinformatics techniques / Can. J. Mi

Bao, Y / 2008 / The influenza virus resource at the National Center for Biotechnology Information / J. Virol 82 : 596 ~ 601

Cary, N. C / 2004 / SAS 9.1.2 Qualification Tools User’s Guide / SAS Institute Inc : 3 ~ 18

Cox, N. J / 1989 / Pathways of evolution of influenza A (H1N1) viruses from 1977 to 1986 as determined by oligonucleotide mapping and sequencing studies / J. Gen. Virol 70 (2

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