엽록체 전장유전체 정보를 이용한 Solanum hougasii 특이적 분자마커 개발

김수정; 박태호

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자료유형: 학술저널

저자정보: 김수정 박태호

저널정보: 한국식물생명공학회 Journal of Plant Biotechnology Journal of Plant Biotechnology 제47권 제2호

발행연도: 2020.1

수록면: 141 - 149 (9page)

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Solanum hougasii, one of the wild Solanum species, has been widely used in potato breeding since it exhibits excellent resistance to diverse important pathogens. S. hougasii can be directly crossed with the cultivated tetraploid potato (S. tuberosum) owing to its EBN (Endosperm Balanced Number) value of 4, which is same as that of S. tuberosum although it is an allohexaploid. In this study, the complete chloroplast genome sequence of S. hougasii was obtained by next-generation sequencing technology, and compared with that of the chloroplast genome of seven other Solanum species to identify S. hougasii-specific PCR markers. The length of the complete chloroplast genome of S. hougasii was 155,549 bp. The structural organization of the chloroplast genome in S. hougasii was found to be similar to that of seven other Solanum species studied. Phylogenetic analysis of S. hougasii with ten other Solanaceae family members revealed that S. hougasii was most closely related to S. stoloniferum, followed by S. berthaultii, and S. tuberosum. Additional comparison of the chloroplast genome sequence with that of five other Solanum species revealed five InDels and 43 SNPs specific to S. hougasii. Based on these SNPs, four PCR-based markers were developed for the differentiation of S. hougasii from other Solanum species. The results obtained in this study will aid in exploring the evolutionary and breeding aspects of Solanum species.

참고문헌 (49)

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Bohs L / 1997 / Phylogenetic relationships in Solanum (Solanaceae) based on ndhF sequences / Syst Bot 22:5~17

Brown CR / 1999 / Genetic analysis of resistance to Meloidogyne chitwoodi introgressed from Solanum hougasii into cultivated potato / J Nematol 31:264~271

Calsa Junior T / 2004 / Structural features and transcript-editing analysis of sugarcane (Saccharum officinarum L.) chloroplast genome / Curr Genet 46:366~373

Chen L / 2013 / Nuclear and cytoplasmic genome components of Solanum tuberosum + S. chacoense somatic hybrids and three SSR alleles related to bacterial wilt resistance / Theor Appl Genet 126:1861~1872

Cho KS / 2016 / Complete chloroplast genome sequences of Solanum commersonii and its application to chloroplast genotype in somatic hybrids with Solanum tuberosum / Plant Cell Rep 35:2113~2123

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이 논문의 저자 정보

김수정

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박태호

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주요연구분야 농수해양학 > 농학

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