A QUADRATIC APPROXIMATION FOR PROTEIN SEQUENCE TO STRUCTURE MAPPING

Oh, Se-Young; Yun, Jae-Heon; Chung, Sei-Young

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자료유형: 학술저널

저자정보: Oh, Se-Young (Department of Mathematics, Chungnam National University) Yun, Jae-Heon (Department of Mathematics, College of Natural Science, Chungnam National University) Chung, Sei-Young (Department of Mathematics, Chungnam National University)

저널정보: 한국전산응용수학회 Journal of applied mathematics & computing Journal of applied mathematics & computing 제12권 제1호

발행연도: 2003.1

수록면: 155 - 164 (10page)

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A method is proposed to predict the distances between given residue pairs (between C$\sub$${\alpha}$/ atoms) of a protein using a sequence to structure mapping by indefinite quadratic approximation. The prediction technique requires a data fitting in three dimensional space with coordinates of the residues of known structured proteins and leads to a numerical ref resentation of 20 amino acids by minimizing a large least norm iteratively. These approximations are used in distance prediction for given residue pairs. Some computational experience on a test set of small proteins from Brookhaven Protein Data Bank are given.

#sequence to structure mapping #quadratic approximation

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Yun, Jae-Heon

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