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자료유형
학술저널
저자정보
Kim, Hyo-Young (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University) Moon, Sun-Jin (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University) Kim, Hee-Bal (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제6권 제1호
발행연도
2008.1
수록면
32 - 35 (4page)

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Little evidence supports the existence of imprinted genes in chicken. Imprinted genes are thought to be intimately connected with the acquisition of parental resources in mammals; thus, the predicted lack of this type of gene in chicken is not surprising, given that they leave their offspring to their own heritance after conception. In this study, we identified several imprinted genes and their orthologs in human, mouse, and zebrafish, including 30 previously identified human and mouse imprinted genes. Next, using the HomoloGene database, we identified six orthologous genes in human, mouse, and chicken; however, no orthologs were identified for SLC22A18, and mouse Ppp1r9a was not included in the HomoloGene database. Thus, from our analysis, four candidate chicken imprinted genes (IGF2, UBE3A, PHLDA2, and GRB10) were identified. To expand our analysis, zebrafish was included, but no probe ID for UBE3A exists in this species. Thus, ultimately, three candidate imprinted genes (IGF2, PHLDA2, and GRB10) in chicken were identified. GRB10 was not significant in chicken and zebrafish based on the Wilcoxon-Mann-Whitney test, whereas a weak correlation between PHLDA2 in chicken and human was identified from the Spearman's rank correlation coefficient. Significant associations between human, mouse, chicken, and zebrafish were found for IGF2 and GRB10 using the Friedman's test. Based on our results, IGF2, PHLDA2, and GRB10 are candidate imprinted genes in chicken. Importantly, the strongest candidate was PHLDA2.
#chicken #conservation #homologs #imprinted genes #statistical analysis

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참고문헌 (14)

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Chung, M.K / 2005 / Possible gene expression and imprinting defects in assisted reproductive technology / The 14th Korea Genome Conference :50 google schola Colosi, D.C / 2006 / Genomic organization and allelic expression of UBE3A in chicken / Gen 383:93~98 google schola Crawley, M.J / 2005 / Statistics an introduction using R / Imperial College London :80~100 google schola Dunzinger, U / 2007 / Conserved synteny of mammalian imprinted genes in chicken, frog, and fish genomes / Cytogent. Genome Res 117:78~85 google schola Khatib, H. / 2007 / Comparative analysis of sequence characteristics of imprinted genes in human, mouse and cattle / Mamm. Genome 18:538~547 google schola

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