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학술저널
저자정보
Lee, Byung-Wook (Korean Bioinformation Center [KOBIC], KRIBB) Chu, In-Sun (Korean Bioinformation Center [KOBIC], KRIBB) Kim, Nam-Shin (Korean Bioinformation Center [KOBIC], KRIBB) Lee, Jin-Hyuk (Korean Bioinformation Center [KOBIC], KRIBB) Kim, Seon-Yong (Korean Bioinformation Center [KOBIC], KRIBB) Kim, Wan-Kyu (Ewha Research Center for Systems Biology [ERCSB], Ewha Womans University) Lee, Sang-Hyuk (Korean Bioinformation Center [KOBIC], KRIBB)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제8권 제4호
발행연도
2010.1
수록면
165 - 169 (5page)

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The Korean Bioinformation Center (KOBIC) is a national bioinformatics research center in Korea. We developed many bioinformatics algorithms and applications to facilitate the biological interpretation of OMICS data. Here we present an introduction to major bioinformatics resources of databases and tools developed at KOBIC. These resources are classified into three main fields: genome, proteome, and literature. In the genomic resources, we constructed several pipelines for next generation sequencing (NGS) data processing and developed analysis algorithms and web-based database servers including miRGator, ESTpass, and CleanEST. We also built integrated databases and servers for microarray expression data such as MDCDP. As for the proteome data, VnD database, WDAC, Localizome, and CHARMM_HM web servers are available for various purposes. We constructed IntoPub server and Patome database in the literature field. We continue constructing and maintaining the bioinformatics infrastructure and developing algorithms.
#bioinformatics programs #databases #web server #KOBIC

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Arakawa, K. / 2005 / KEGG-based pathway visualization tool for complex omics data / Silico Biol. 5:419~423 google schola Barrell, D. / 2009 / The GOA database in 2009--an integrated Gene Ontology Annotation resource / Nucl. Acids Res. 37:D396~D403 google schola Burke, J. / 1999 / d2_cluster: a validated method for clustering EST and full-length cDNAsequences / Genome Res. 9:1135~1142 google schola Cho, S. / miRGator v2.0 : an integrated system for functional investigation of microRNAs / Nucl. Acids Res. 39:D158~D162 google schola Finn, R.D. / 2010 / The Pfam protein families database / Nucl. Acids Res. 38:D211~D222 google schola

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