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학술저널
저자정보
Jeong, Seok Won (Division of Bio-Medical Informatics, Center for Genome Science, National Institute of Health, KCDC) Chung, Myungguen (Division of Bio-Medical Informatics, Center for Genome Science, National Institute of Health, KCDC) Park, Soo-Jung (Division of Bio-Medical Informatics, Center for Genome Science, National Institute of Health, KCDC) Cho, Seong Beom (Division of Bio-Medical Informatics, Center for Genome Science, National Institute of Health, KCDC) Hong, Kyung-Won (Division of Bio-Medical Informatics, Center for Genome Science, National Institute of Health, KCDC)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제12권 제4호
발행연도
2014.1
수록면
187 - 194 (8page)

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Metabolic syndrome (METS) is a disorder of energy utilization and storage and increases the risk of developing cardiovascular disease and diabetes. To identify the genetic risk factors of METS, we carried out a genome-wide association study (GWAS) for 2,657 cases and 5,917 controls in Korean populations. As a result, we could identify 2 single nucleotide polymorphisms (SNPs) with genome-wide significance level p-values (< $5{\times}10^{-8}$), 8 SNPs with genome-wide suggestive p-values ($5{\times}10^{-8}{\leq}$ p < $1{\times}10^{-5}$), and 2 SNPs of more functional variants with borderline p-values ($5{\times}10^{-5}{\leq}$ p < $1{\times}10^{-4}$). On the other hand, the multiple correction criteria of conventional GWASs exclude false-positive loci, but simultaneously, they discard many true-positive loci. To reconsider the discarded true-positive loci, we attempted to include the functional variants (nonsynonymous SNPs [nsSNPs] and expression quantitative trait loci [eQTL]) among the top 5,000 SNPs based on the proportion of phenotypic variance explained by genotypic variance. In total, 159 eQTLs and 18 nsSNPs were presented in the top 5,000 SNPs. Although they should be replicated in other independent populations, 6 eQTLs and 2 nsSNP loci were located in the molecular pathways of LPL, APOA5, and CHRM2, which were the significant or suggestive loci in the METS GWAS. Conclusively, our approach using the conventional GWAS, reconsidering functional variants and pathway-based interpretation, suggests a useful method to understand the GWAS results of complex traits and can be expanded in other genomewide association studies.
#expression quantitative trait loci #genome-wide association study #metabolic networks and pathways #single nucleotide polymorphism

목차

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참고문헌 (47)

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Alberti KG / 2005 / The metabolic syndrome: a new worldwide definition / Lancet 366:1059~1062 google schola Haffner S / 2003 / Epidemic obesity and the metabolic syndrome / Circulation 108:1541~1545 google schola Cameron AJ / 2004 / The metabolic syndrome:prevalence in worldwide populations / Endocrinol Metab Clin North Am 33:351~375 google schola Song J / 2004 / Prevalence of the metabolic syndrome among South Korean adults: the Ansan study / Diabet Med 21:1154~1155 google schola Sung J / 2009 / Heritabilities of the metabolic syndrome phenotypes and related factors in Korean twins / J Clin Endocrinol Metab 94:4946~4952 google schola

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