지원사업
학술연구/단체지원/교육 등 연구자 활동을 지속하도록 DBpia가 지원하고 있어요.
커뮤니티
연구자들이 자신의 연구와 전문성을 널리 알리고, 새로운 협력의 기회를 만들 수 있는 네트워킹 공간이에요.
논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 발행연도
- 2021.11
- 수록면
- 1,512 - 1,518 (7page)
이용수
초록· 키워드
오류제보하기
단일세포 RNA-Seq 은 개별 세포의 유전자 발현을 제공하므로 세포마다 차등적인 고해상도 정보를 준다. 단일세포 RNA-Seq 자료에 대하여 군집화는 세포의 유형과 고수준의 생물 과정을 이해하기 위하여 수행된다. 매우 고차원이고 대용량인 단일세포 RNA-Seq을 효과적으로 처리하기 위하여, 본 논문은 변이 자동인코더를 사용하여 고차원의 자료공간을 저차원의 잠재공간으로 변환하여, 보다 정확한 군집화를 수행할 수 있는 특징공간을 만든다. 차원이 축소된 잠재공간에 다양한 군집화 방법을 적용하는 접근을 다양한 전통적인 단일세포 RNA-Seq 군집화 방법과 성능을 비교하였다. 군집화 실험을 통하여, 제안한 방법은 기존 방법들보다 다양한 군집화 성능기준에서 성능이 개선되었다.
목차
요약
ABSTRACT
Ⅰ. 서론
Ⅱ. 단일세포 RNA-Seq 자료의 VAE기반의 차원축소
Ⅲ. 잠재공간에서의 군집화
Ⅳ. 단일세포 RNAseq 군집화 실험
Ⅴ. 결론
References
참고문헌 (27)
참고문헌 신청
S. K. Kim, J. Lund, M. Kiraly, K. Duke, M. Jiang, J. M. Stuart, A. Eizinger, B. N. Wylie, and G. S. Davidson, “A gene expression map for Caenorhabditis elegans,” Science, vol. 293, no. 5537, pp. 2087-2092, Sep. 2001.
M. N. Arbeitman, E. E. Furlong, F. Imam, E. Johnson, B. H. Null, B. S. Baker, M. A. Krasnow, Ma. P. Scott, R. W. Davis, and K. P. White, “Gene expression during the life cycle of Drosophila melanogaster,” Science, vol. 297, no. 5590, pp. 2270-2275, Sep. 2002.
F. Emmert-Streib, M. Dehmer, and B. Haibe-Kains, “Gene regulatory networks and their applications: understanding biological and medical problems in terms of networks,” Front. Cell Dev. Biol., vol. 2, no. 38, Aug. 2014.
A. E. Saliba, A. J. Westermann, S. A. Gorski, and J. Vogel, “Single-cell RNAseq: advances and future challenges,” Nucleic Acids Res., vol. 42, no. 14, pp. 8845-8860, Aug. 2014.
C. W. Shields, C. D. Reyes, and G. P. Lopez, “Microfluidic cell sorting: a review of the advances in the separation of cells from debulking to rare cell isolation,” Lab Chip, vol. 15, no. 5, pp. 1230-1249, Mar. 2015.
M. N. Arbeitman, E. E. Furlong, F. Imam, E. Johnson, B. H. Null, B. S. Baker, M. A. Krasnow, Ma. P. Scott, R. W. Davis, and K. P. White, “Gene expression during the life cycle of Drosophila melanogaster,” Science, vol. 297, no. 5590, pp. 2270-2275, Sep. 2002.
F. Emmert-Streib, M. Dehmer, and B. Haibe-Kains, “Gene regulatory networks and their applications: understanding biological and medical problems in terms of networks,” Front. Cell Dev. Biol., vol. 2, no. 38, Aug. 2014.
A. E. Saliba, A. J. Westermann, S. A. Gorski, and J. Vogel, “Single-cell RNAseq: advances and future challenges,” Nucleic Acids Res., vol. 42, no. 14, pp. 8845-8860, Aug. 2014.
C. W. Shields, C. D. Reyes, and G. P. Lopez, “Microfluidic cell sorting: a review of the advances in the separation of cells from debulking to rare cell isolation,” Lab Chip, vol. 15, no. 5, pp. 1230-1249, Mar. 2015.
함께 읽어보면 좋을 논문
논문 유사도에 따라 DBpia 가 추천하는 논문입니다. 함께 보면 좋을 연관 논문을 확인해보세요!
-
유전자 조절 네트워크 데이터베이스를 활용한 단일 세포 RNA-seq 데이터 군집화 분석
한국정보과학회 학술발표논문집
2018 .06
-
Understanding Confounding Effects of Blood Handling Strategies on RNA Quality and Transcriptomic Alteration Using RNA Sequencing
BioChip Journal
2021 .01
-
도메인 적응을 활용한 딥러닝 기반의 단일 세포 RNA 시퀀싱 데이터의 세포 타입 예측
한국정보과학회 학술발표논문집
2022 .06
-
Current RNA-Seq Methods and Its Applications
한국생물공학회 학술대회
2015 .04
-
RNA Therapy: Current Status and Future Potential
한국생물공학회 학술대회
2021 .10
-
Pathogenic diversity of RNA variants and RNA variation-associated factors in cancer development
Experimental and Molecular Medicine
2020 .01
-
Molecular insights into regulatory RNAs in the cellular machinery
Experimental and Molecular Medicine
2024 .06
-
RNA therapy: rich history, various applications and unlimited future prospects
Experimental and Molecular Medicine
2022 .04
-
Crosstalk between RNA silencing and RNA quality control in plants
BMB Reports
2023 .06
-
Cost and time-efficient construction of a 3′-end mRNA library from unpurified bulk RNA in a single tube
Experimental and Molecular Medicine
2024 .02
-
MAPS-seq: magnetic bead-assisted parallel single-cell gene expression profiling
Experimental and Molecular Medicine
2020 .01
-
RiboRid: a Low Cost, Advanced, and Ultra-efficient Method to Remove Ribosomal RNA for Bacterial Transcriptomics
한국생물공학회 학술대회
2021 .04
-
Cell Type Prediction for Single-cell RNA Sequencing based on Unsupervised Domain Adaptation and Semi-supervised Learning
Journal of KIISE
2025 .02
-
Comparison of cell type distribution between single-cell and single-nucleus RNA sequencing: enrichment of adherent cell types in single-nucleus RNA sequencing
Experimental and Molecular Medicine
2022 .12
-
A Time-Course Multi-Clustering Method for Single-Cell Trajectory Inference
Journal of KIISE
2022 .10
-
마이크로RNA와 유전자 연관성 예측 딥러닝 모델 개발 연구
한국통신학회 학술대회논문집
2021 .06
-
Development of a Single-cell RNA-seq Platform Using Droplets without Microfluidics
한국생물공학회 학술대회
2023 .04
-
Identifying the cellular location of brain cytoplasmic 200 RNA using an RNA-recognizing antibody
BMB Reports
2017 .06
-
NMR Tools to Decipher Dynamic Structure of RNA
Journal of the Korean Magnetic Resonance Society
2017 .01
-
Optimal design of synthetic circular RNAs
Experimental and Molecular Medicine
2024 .06
이 논문의 저자 정보
이 논문과 함께 이용한 논문
최근 본 자료
댓글(0)
0
UCI(KEPA) : I410-ECN-0101-2022-004-000031823