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저자정보
Chiranjib Chakraborty (Hallym University-Chuncheon Sacred Heart Hospital) Ashish Ranjan Sharma (Hallym University-Chuncheon Sacred Heart Hospital) Garima Sharma (Kangwon National University) Manojit Bhattacharya (Hallym University-Chuncheon Sacred Heart Hospital) Bidhan C. Patra (Vidyasagar University) Bimal Kumar Sarkar (Adamas University) Saptarshi Banerjee (VIT University) Kankana Banerjee (VIT University) Sang‑Soo Lee (Hallym University-Chuncheon Sacred Heart Hospital)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.43 No.7
발행연도
2021.1
수록면
759 - 773 (15page)

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Background Currently, Tigers (the top predator of an ecosystem) are on the list of endangered species. Thus the need is to understand the tiger's population genomics to design their conservation strategies. Objective We analyzed the molecular evolution of tiger diversity using NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4), a significant electron transport chain component. Methods We have analyzed nucleotide composition and distribution pattern of ND genes, molecular evolution, evolutionary conservation pattern and conserved blocks of NADH, phylogenomics of ND4, and estimating species divergence, etc., using different bioinformatics tools and software, and MATLAB programming and computing environment. Results The nucleotide composition and distribution pattern of ND genes in the tiger genome demonstrated an increase in the number of adenine (A) and a lower trend of A+T content in some place of the distribution analysis. However, the observed distributions were not significant (P > 0.05). Evolutionary conservation analysis showed three highly align blocks (186 to 198, 406 to 416, and 527 to 545). On mapping the molecular evolution of ND4 among model species (n = 30), we observed its presence in a broader range of species. ND4 based molecular evolution of tiger diversity and time divergence for a tiger (20 different other species) shows that genus Panthera originated more or less at a similar time. Conclusions The nucleotide composition and nucleotide distribution pattern of tiger ND genes showed the evolutionary pattern and origin of tiger and Panthera lineage concerning the molecular clock, which will help to understand their adaptive evolution.
#Tiger · NADH dehydrogenase subunits · DNA barcoding marker · NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) · Species divergence · Molecular clocks

목차

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Ingi Agnarsson / 2008 / The phylogeny of Cetartiodactyla: The importance of dense taxon sampling, missing data, and the remarkable promise of cytochrome b to provide reliable species-level phylogenies / Molecular Phylogenetics and Evolution 48(3):964~985 Crossref Aliabadian M / 2014 / Appraisal of the entire mitochondrial genome for DNA barcoding in birds / Progress Biol Sci 4:167~168 google schola Anderson S et al / 1981 / Sequence and organization of the human mitochondrial genome / Nature 290:457~465 google schola Anisimova M / 2001 / Accuracy and power of the likelihood ratio test in detecting adaptive molecular evolution / Mol Biol Evol 18:1585~1592 google schola Baillie J / 1996 / 1996 IUCN red list of threatened animals / Kelvyn Press google schola

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