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세무조사권 남용 금지와 관련하여 재조사 금지에 관한 사항은 실무에 있어 지속적으로 문제된 사항이며, 세무조사의 적법성에 관한 다툼의 상당 부분이 이에 관한 문제이다. 과세관청은 조세탈루 등의 의혹이 있다면 제척기간이 도과하지 않은 이상 당연히 추가적인 조사를 하려고 할 것이지만 국세기본법은 이에 관하여 일정한 제한을 두고 있다. 다만 위 규제조항의 불명확성으로 인해 그 판단에 있어 다툼의 여지가 큰 것이다. 재조사 금지와 관련하여 크게 두 가지 측면에서 법률적 쟁점이 도출된다고 할 것인데, 우선 국세기본법 제81조의 4 제2항 각호의 예외사유의 해석이 문제된다. 그리고 재조사 금지의 예외사유에 해당되지 않음에도 불구하고 과세처분을 할 경우에 해당 과세처분의 효력이 문제된다. 사실 세무조사 절차의 위법과 이에 따른 후속 과세처분의 위법성의 범위에 관한 사항은 종전부터 일부 논의가 있었으나, 재조사와 관련하여 다시 검토하고자 한다. 우선 과세관청의 조사행위가 모두 금지되는 재조사에 해당하는 세무조사라고 할 경우, 과세관청으로서는 언제나 정식의 세무조사에 착수하여야 하며 납세자의 경우에도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 한다. 또한 실질적으로 세무조사의 역할과 기능을 수행하고 있음에도 불구하고 개념상 세무조사 아니라는 이유로 이를 폭넓게 인정한다면 재조사 금지규정이 사실상 형해화될 우려가 있다. 따라서 조사사무처리규정상의 정의나 분류, 형식을 불문하고 실질적 성격에 따라 세무조사여부를 판단하여야 할 것이다. 그리고 국세기본법 제81조의4 제2항과 동법 시행령 제63조의2는 재조사 금지의 예외사유를 규정하고 있는데, 납세자의 권리침해의 정도를 고려할 때 한정적⋅열거적 규정으로 취급하여 엄격하게 해석하여야 할 것이다. 재조사 금지규정에 위반하여 이루어진 세무조사에 기한 과세처분은 관련 규정의 문언과 체계, 재조사 금지규정의 입법 취지 등을 고려할 때, 그 자체로 위법하다는 것에는 이론이 없다. 다만 위법한 세무조사에 기초한 과세처분의 효력이 어떻게 되는지에 관해서 견해가 대립하는 점에 비추어, 재조사 금지원칙에 위반하여 후속 과세처분이 이루어진 경우에 그 효력이 문제될 수 있다. 생각건대, 절충설의 경우에도 그 하자의 중대성이 인정되기 때문에 위법설과 결론상의 차이는 없을 것이다. 이후 대법원 판결에서도 해당 판결과 동일한 취지에서 재조사 금지원칙을 위반한 세무조사는 중대한 절차적 하자가 존재하는 것이라고 설시하고 있다. 다만 과세형평과 조세정의를 위하여 형사절차상의 위법수집증거배제의 예외법리를 도입할 필요가 있다고 본다. 세무조사보다 더 인권침해의 우려가 높은 형사절차에서도 예외를 인정한 것에 비추어 조세절차에서 적극적으로 수용해야 한다.
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