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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
박민경 (동아대학교) 노미숙 (동아대학교)
저널정보
고신대학교 의과대학 고신대학교 의과대학 학술지 고신대학교 의과대학 학술지 제35권 제1호
발행연도
2020.1
수록면
26 - 37 (12page)

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Objectives: Biobanking plays an important role in future research. Assessment and control of the preanalytical variables of biobanked tissues are fundamentals for the optimal use of biospecimens. Methods: Forty-five colorectal cancer (CRC) tissues stored at -80℃in Bio-Resource Bank were evaluated to define the influence of cold ischemia time (CIT) and storage period (SP) on DNA quality in biobanked tissues. Three CITs (less than 30 minutes (CIT-1), 30-45 minutes (CIT-2), and 45-60 minutes (CIT-3)) and three SPs (less than 1 year (SP-1), 2-3 years (SP-2), and 4-5 years (SP-3)) were chosen. NanoDrop spectrophotometer was used to determine the 260/280 ratio for DNA purity. DNA integrity was analyzed by a UV transilluminator following electrophoresis on 2% agarose gel. To evaluate the practical usability of DNA for biomarker research, KRAS mutation status was assessed by PCR amplification. Results: All DNA specimens had a 260/280 ratio ranging between 1.8 and 2.0 with the exception of one specimen (CIT-2/SP-2 group). For DNA integrity, DNA appeared as a compact, high-molecular-weight band with no or scanty low-molecular-weight smears. The concordance of KRAS mutation status between paired biobanked frozen tissues and formalin-fixed paraffin-embedded tissues was 100%. DNA remained stable in CRC tissues kept at room temperature for up to 1 hour and long-term storage up to 5 years. Conclusions: Storage conditions of our biobank are suitable for long-term (at least five years) specimen preservation with high DNA quality. These results have practical implications that could affect banking guidelines.
#Biobank #Colorectal cancer #DNA #Ischemia #Storage

목차

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