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학술저널
저자정보
Li‑Qin Xie (Jiujiang University) Ping‑Lan Wang (Jiujiang University) Shen‑Hua Jiang (Jiujiang University) Ze Zhang (Chongqing University) Hua‑Hao Zhang (Jiujiang University)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.40 No.5
발행연도
2018.1
수록면
485 - 495 (11page)

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TC1/Mariner transposons belong to class II transposable elements (TEs) that use DNA-mediated “cut and paste” mechanism to transpose, and they have been identified in almost all organisms. Although silkworm (Bombyx mori) has a large amount of TC1/Mariner elements, the genome wide information of this superfamily in the silkworm is unknown. In this study, we have identified 2670 TC1/Mariner (Bmmar) elements in the silkworm genome. All the TEs were classified into 22 families by means of fgclust, a tool of repetitive sequence classification, seven of which was first reported in this study. Phylogenetic and structure analyses based on the catalytic domain (DDxD/E) of transposase sequences indicated that all members of TC1/Mariner were grouped into five subgroups: Mariner, Tc1, maT, DD40D and DD41D/E. Of these five subgroups, maT rather than Mariner possessed most members of TC1/Mariner (51.23%) in the silkworm genome. In particular, phylogenetic analysis and structure analysis revealed that Bmmar15 (DD40D) formed a new basal subgroup of TC1/Mariner element in insects, which was referred to as bmori. Furthermore, we concluded that DD40D appeared to intermediate between mariner and Tc1. Finally, we estimated the insertion time for each copy of TC1/Mariner in the silkworm and found that most of members were dramatically amplified during a period from 0 to 1 mya. Moreover, the detailed functional data analysis showed that Bmmar1, Bmmar6 and Bmmar9 had EST evidence and intact transposases. These implied that TC1/Mariner might have potential transpositional activity. In conclusion, this study provides some new insights into the landscape, origin and evolution of TC1/Mariner in the insect genomes.

목차

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참고문헌 (47)

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Bryan G / 1990 / Insertion and excision of the transposable element mariner in Drosophila / Genetics 125:103~114 google schola Capy P / 1996 / Relationships between transposable elements based upon the integrase-transposase domains: is there a common ancestor? / J Mol Evol 42:359~368 Crossref Capy P / 1997 / Dynamics and evolution of transposable elements / Landes Bioscience google schola Clark KJ / 2009 / Passport, a native Tc1 transposon from flatfish, is functionally active in vertebrate cells / Nucleic Acids Res 37:1239~1247 Crossref Claudianos C / 2002 / maT:a clade of transposons intermediate between mariner and Tc1 / Mol Biol Evol 19:2101~2109 Crossref

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