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부가가치세 환급세액은 소송실무에서 자주 분쟁의 대상이 되고 있으나, 그 법적 성질, 구제방법 등에 대하여 여전히 논란이 많은 분야이다. 오납액, 과납액 등 다른 환급금과 구분하지 않고 부가가치세 환급거부는 모두 항고소송의 대상이 아닌 것으로 오해되는 경우도 있다. 최근 2013. 3. 21. 부가가치세 환급청구권의 법적 성질, 구제방법 등에 관하여 기존의 입장을 변경한 전원합의체판결이 선고되었고, 법무부가 2013.
3. 20. 입법예고한 행정소송법 개정안이 행정상 부당이득반환청구소송을 공법상 당사자소송의 범위에 포함시키는 한편 이행소송을 도입함에 따라 향후 부가가치세 환급세액에 대한 구제방법의 변화가 예상되고 있다.
납세자가 부가가치세 환급세액을 반환받기 위한 구제방법은 납세자의 신고에 의하여 환급세액이 확정된 경우와 그렇지 않은 경우로 구분하여 살펴보아야 한다. 납세자의 신고에 의하여 환급세액이 확정된 경우는 납세자가 국가를 상대로 공법상 당사자소송을 제기하면 된다. 대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결이 부가가치세 환급청구권의 법적 성질을 부당이득반환청구권이 아닌 공법상 특별권으로 보고있기 때문이다.
납세자가 환급세액을 신고하였는데 과세관청이 감액경정하여 환급거부한 경우 또는납세자가 환급세액 신고 후 경정청구하였는데 과세관청이 경정거부한 경우 납세자가당초 신고한 환급세액 또는 경정청구한 환급세액을 반환받기 위하여는 환급거부처분또는 경정거부처분의 확정력을 깨뜨리기 위해 취소소송을 제기해야 한다.
납세자가 환급세액을 신고하거나 경정청구하였는데 과세관청이 환급거부나 경정거부하는 데서 그치지 않고 부가가치세 부과처분을 하는 경우에는 복잡한 법률문제가 생긴다. 먼저 납세자가 환급세액을 신고하였는데 과세관청이 환급을 거부하고 부과처분을 한 경우 판례가 취하는 흡수설에 의하면 환급세액 신고, 환급거부처분은 부과처분에 흡수되어 부과처분만 남게 되고, 부과처분의 취소만 구하더라도 판결이유까지 고려하여 환급세액을 확정할 수 있으므로 부과처분의 취소만 구하면 된다고 본다. 다음 납세자가 환급세액 신고 후 경정청구를 하였는데 과세관청이 환급 및 경정을 거부하고부과처분을 한 경우 판례가 흡수설의 예외를 인정하여 환급세액 신고, 환급거부처분,경정청구, 경정거부처분이 부과처분에 흡수되어 소멸하지 않는다고 보고 있으므로 부과처분의 취소 이외에 환급거부처분, 경정거부처분의 취소도 구해야 한다고 본다. 그러나 위와 같은 구제방법만으로 환급세액의 확정이 불명확하거나 구제가 불완전한 경우가 있으므로 환급세액의 청구에 대한 문제를 근본적으로 해결하기 위하여 행정소송법 개정안과 같이 의무이행소송을 도입하여 납세자가 신고하거나 경정청구한 환급세액을 확정하고 그 확정된 환급세액의 이행을 직접 명하는 것이 필요하다.
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