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원핵생물 1,309종(species)에 보존적인 유전자(ortholog)를 파악하기 위해 1,309종을 대상으로 COG (Cluster of Orthologous Groups of proteins) 기법을 적용하였으며, 그 결과 ribosome protein S11 (COG0100)을 확인하였다. 1,308, 1,307, 1,306 및 1,305종에서 보존된 ortholog의 수는 각각 2, 5, 5 및 6개였다. 1,303종 이상에서 보존된 유전자는 29개였고, 이들은 23개의 리보솜 단백질, 3개의 tRNA 합성효소, 2개의 번역 인자 및 1개의 RNA 중합효소 소단위체 유전자였다. 대부분이 단백질 합성과 연관되어 원핵생물에서 단백질 발현이 중요한 것으로 판단되었다. 29개의 COG 중에서 ribosome protein S12 (COG0048)가 보존성이 가장 높았다. 29개의 보존된 COG는 대개 하나의 원핵생물에 하나의 단백질이 분포하였다. COG0090은 보존성이 가장 낮았으며 phylogenetic distance value의 표준편차도 가장 컸다. COG0090은 리보솜의 구성원 기능 외에 복제와 전사의 조절자 역할을 하기에, 각 원핵생물이 다양한 환경에서 생존하기 위해 변이가 큰 것으로 추론되었다. 이 연구는 기초 과학과 종양 조절 및 항균제 개발에 필요한 데이터를 제공할 수 있을 것이다.
목차
서론
재료 및 방법
결과 및 고찰
References
초록
참고문헌 (20)
참고문헌 신청
Awah, C. U., Chen, L., Bansal, M., Mahajan, A., Winter, J., Lad, M., Warnke, L., Gonzalez-Buendia, E., Park, C., Zhang, D., Feldstein, E., Yu, D., Zannikou, M., Balyasnikova, I. V., Martuscello, R., Konerman, S., Győrffy, B., Burdett, K. B., Scholtens, D. M., Stupp, R., Ahmed, A., Hsu, P. and Sonabend, A. M. 2020. Ribosomal protein S11 influences glioma response to TOP2 poisons. Oncogene 39, 5068-5081.
Ba, Q., Li, X., Huang, C., Li, J., Fu, Y., Chen, P., Duan, J., Hao, M., Zhang, Y., Li, J., Sun, C., Ying, H., Song, H., Zhang, R., Shen, Z. and Wang, H. 2017. BCCIPβ modulates the ribosomal and extraribosomal function of S7 through a direct interaction. J. Mol. Cell Biol. 9, 209-219.
Bar-On, Y. M., Phillips, R. and Milo, R. 2018. The biomass distribution on earth. PNAS. 115, 6506-6511.
Chen, D., Zhang, Z., Li, M., Wang, W., Li, Y., Rayburn, E. R., Hill, D. L., Wang, H. and Zhang, R. 2007. Ribosomal protein S7 as a novel modulator of p53-MDM2 interaction: binding to MDM2, stabilization of p53 protein, and activation of p53 function. Oncogene 26, 5029-5037.
Chodavarapu, S., Felczak, M. M. and Kaguni, J. M. 2011. Two forms of ribosomal protein L2 of Escherichia coli that inhibit DnaA in DNA replication. Nucleic Acids Res. 39, 4180-4191.
Ba, Q., Li, X., Huang, C., Li, J., Fu, Y., Chen, P., Duan, J., Hao, M., Zhang, Y., Li, J., Sun, C., Ying, H., Song, H., Zhang, R., Shen, Z. and Wang, H. 2017. BCCIPβ modulates the ribosomal and extraribosomal function of S7 through a direct interaction. J. Mol. Cell Biol. 9, 209-219.
Bar-On, Y. M., Phillips, R. and Milo, R. 2018. The biomass distribution on earth. PNAS. 115, 6506-6511.
Chen, D., Zhang, Z., Li, M., Wang, W., Li, Y., Rayburn, E. R., Hill, D. L., Wang, H. and Zhang, R. 2007. Ribosomal protein S7 as a novel modulator of p53-MDM2 interaction: binding to MDM2, stabilization of p53 protein, and activation of p53 function. Oncogene 26, 5029-5037.
Chodavarapu, S., Felczak, M. M. and Kaguni, J. M. 2011. Two forms of ribosomal protein L2 of Escherichia coli that inhibit DnaA in DNA replication. Nucleic Acids Res. 39, 4180-4191.
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