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자료유형
학술저널
저자정보
박기정 (국립보건연구원) 김기봉 (상명대학교)
저널정보
한국분자세포생물학회 Molecules and Cells Molecules and Cells 제35권 제3호
발행연도
2013.3
수록면
195 - 201 (7page)
DOI
10.1007/s10059-013-2165-4

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MicroRNAs (miRNAs) are important regulators of gene expression and play crucial roles in many biological pro-cesses including apoptosis, differentiation, development, and tumorigenesis. Recent estimates suggest that more than 50% of human protein coding genes may be regulated by miRNAs and that each miRNA may bind to 300-400 target genes. Approximately 1,000 human miRNAs have been identified so far with each having up to hundreds of unique target mRNAs. However, the targets for a majority of these miRNAs have not been identified due to the lack of large-scale experimental detection techniques. Experimental detection of miRNA target sites is a costly and time-consuming process, even though identification of miRNA targets is critical to unraveling their functions in various biological processes. To identify miRNA targets, we developed miRTar Hunter, a novel computational approach for predicting target sites regardless of the presence or absence of a seed match or evolutionary sequence conservation. Our approach is based on a dynamic programming algorithm that incorporates more se-quence-specific features and reflects the properties of various types of target sites that determine diverse as-pects of complementarities between miRNAs and their targets. We evaluated the performance of our algorithm on 532 known human miRNA:target pairs and 59 experimentally-verified negative miRNA:target pairs, and also compared our method with three popular programs for 481 miRNA:target pairs. miRTar Hunter outperformed three popular existing algorithms in terms of recall and precision, indicating that our unique scheme to quantify the determinants of complementary sites is effective at detecting miRNA targets. miRTar Hunter is now available at http://203.230.194.162/~kbkim.
#computational approach #dynamic programming #miRNA #miRTar Hunter #seed region

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