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2013년말 정부는 세수확보와 납세자의 소득수준에 따른 적정한 세부담을 실현하기 위한 취지에서 소득세법상 종합소득공제제도를 대거 개정하는데, 주요골자는 인적공제 중에서 추가공제인 다자녀추가공제를 자녀세액공제로 변경하였고 연금저축과 특별공제의 내용 중에서 보장성보험료ㆍ교육비ㆍ의료비 및 기부금 등의 경우에는 종전의 소득공제제도에서 세액공제제도로 전환하였다.본 연구는 종합소득공제방식에서 세액공제방식으로 전환하는 소득세법 개정에 대한 문제점을 지적하고 이에 대한 평가를 하고자 한다. 따라서 본 연구에서는 다음과 같은 문제점을 도출하였다.첫째, 세액공제제도로 전환된 내용에 대한 명확한 기준을 제시하고 못하고 있다, 근로소득자들이 실제 지출한 비용인 보장성보험료, 교육비 및 의료비의 경우, 근로자는 실질적인 담세력이 감소하게 되며, 이러한 비용은 소득공제하는 것은 실질적인 소득금액을 계산하기 위한 당연한 조치로 여겨진다. 또한 연금저축도 마찬가지로 세액공제제도로 전환함에 따라 세제를 더욱 복잡하고, 연금의 수령시에 제대로 과세하기 어려운 구조가 되고 말았다.연금저축이 세액공제로 전환되었다면, 그 성격이 유사한 소기업ㆍ소상공인공제부금도 당연히 세액공제로 전환되어야 할 것이다. 그리고 기부금공제도 기본적으로 종전의 소득공제방식에서 세액공제방식으로 전환되었는데, 이와 성격이 비슷한 우리사주조합기부금은 종전과 동일하게 소득공제를 적용받도록 되어 있다.둘째, 현행 출산장려 정책에 역행하고 있다. 종전에는 자녀와 관련된 소득공제제도로서 기본공제와 다자녀추가공제가 있었는데, 2014년부터는 이러한 소득공제제도를 세액공제제도로 전환하여 자녀가 1명 또는 2명인 경우에는 l 명당 15만원을 세액공제하고, 2명을 초과하는 경우에는 30만원과 2명을 초과하는 1명당 20만원을 세액공제하여 주는 것이다. 이는 근로자로 하여금 종전 기본공제와 다자녀추가공제방식보다 조세부담을 더 지우는 결과로 나타난다. 결국 현행 출산장려 정책과는 반대 정책이라 할 수 있다.셋째, 세액공제율의 명확하지 않다는 것이다. 연금저축과 보장성보험료에 대한 세액공제율은 12%, 의료비와 교육비 및 기부금에 대한 세액공제율은 15%로 하고 있다. 이번 세법개정은 기본적으로 저소득자의 세부담은 감소하고, 고소득자의 세부담을 증가하여야 하며, 중산층의 세부담은 종전과 동일한 수준으로 되어야 함에도 개정된 특별세액공제의 공제율은 이에 훨씬 미치지 못하고 있는 실정이다.넷째, 종합소득공제제도가 더욱 복잡해졌다는 문제점이 있다 기본적으로 우리나라의 종합소득공제제도는 기존에도 매우 복잡한 구조로 되어 있었는데, 여기에 소득공제방식과 세액공제방식인 또 하나의 구분이 추가가 된 셈이다. 특히 종합소득공제 중에서 특별소득공제와 특별세액공제는 기본적으로 근로소득자에게만 적용하고 사업소득자 동 근로소득자 이외의 자들에게는 적용하지 않고 있는데, 그 근거가 명확하지 않아서 자의적인 차별이라는 지적이 과거부터 지속적으로 제기되었다. 그럼에도 불구하고, 이번 세법 개정에도 이러한 내용은 반영되지 않고 있는 것이다.위에서 도출한 이번 소득세법 개정에 따른 이러한 문제점들에 대해서 정부는 추가적인 세제조치가 있어야 할 것이다.
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