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본 연구는 부가가치세법상 공통매입세액 안분계산 시 국고보조금을 비과세․면세공급가액과 동일하게 취급하고 있는 현행 법령체계의 문제점을 분석하였다. 과거 공통매입세액 안분계산에 포함되는 비과세사업 공급가액을 둘러싼 납세자와 과세당국과의 다툼이 계속되었고, 사업자가 제공하는 용역에 대한 반대급부에 해당하지 않는 국고보조금은 비과세사업 관련 공급가액으로 볼 수 없다는 판결이 다수를 이루었다. 그러나 정부는 법원의 입장과 달리 대가성의 유무와 관계없이 국고보조금을 면세사업의 공급가액과 동일하게 취급하여 총공급가액 및 면세사업등의 공급가액에 각각 포함하는 것으로 시행령을 개정하였다.
현행 국고보조금 관련 공통매입세액 안분 규정은 다음과 같은 문제점을 가지고 있다. 첫째, 법은 국고보조금이 대가성이 있는 경우에만 공급가액에 포함하도록 규정하고 있다. 이에 반하여 공통매입세액 안분계산 방식을 규정하는 시행령에서는 대가성 유무와 관계없이 국고보조금 수령액을 공급가액과 마찬가지로 취급하고 있다. 둘째, 과․면세 겸영사업자의 공통매입세액 불공제율이 국고보조금 수령 여부에 따라 심각하게 왜곡된다. 셋째, 국고보조금 수령액의 일부가 공통매입세액의 불공제를 통하여 국고에 환수됨으로써 공익사업을 수행하는 사업자들에게 부가가치세의 부담이 귀착된다.
국고보조금의 다양한 성격과 유형을 고려하지 않고 있는 현행 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 부가가치세법 체계의 일관성을 훼손하면서 위임입법의 한계를 일탈하고 있다는 비판을 면하기 어렵다. 본 연구는 과세사업 또는 면세사업의 귀속이 불분명한 국고보조금은 공통매입세액 안분계산에서 제외하거나, EU 부가가치세 지침을 수용하여 납세의무자가 계산방식을 선택할 수 있도록 하는 입법개선안을 제안하였다.
현행 국고보조금 관련 공통매입세액 안분 규정은 다음과 같은 문제점을 가지고 있다. 첫째, 법은 국고보조금이 대가성이 있는 경우에만 공급가액에 포함하도록 규정하고 있다. 이에 반하여 공통매입세액 안분계산 방식을 규정하는 시행령에서는 대가성 유무와 관계없이 국고보조금 수령액을 공급가액과 마찬가지로 취급하고 있다. 둘째, 과․면세 겸영사업자의 공통매입세액 불공제율이 국고보조금 수령 여부에 따라 심각하게 왜곡된다. 셋째, 국고보조금 수령액의 일부가 공통매입세액의 불공제를 통하여 국고에 환수됨으로써 공익사업을 수행하는 사업자들에게 부가가치세의 부담이 귀착된다.
국고보조금의 다양한 성격과 유형을 고려하지 않고 있는 현행 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 부가가치세법 체계의 일관성을 훼손하면서 위임입법의 한계를 일탈하고 있다는 비판을 면하기 어렵다. 본 연구는 과세사업 또는 면세사업의 귀속이 불분명한 국고보조금은 공통매입세액 안분계산에서 제외하거나, EU 부가가치세 지침을 수용하여 납세의무자가 계산방식을 선택할 수 있도록 하는 입법개선안을 제안하였다.
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