Revisiting chloroplast genomic landscape and annotation towards comparative chloroplast genomes of Rhamnaceae

Kwanjeera Wanichthanarak; Intawat Nookaew; Phongthana Pasookhush; Thidathip Wongsurawat; Piroon Jenjaroenpun; Namkhang Leeratsuwan; Songsak Wattanachaisaereekul; Wonnop Visessanguan; Yongyut Sirivatanauksorn; Narong Nuntasaen; Chutima Kuhakarn; Vichai Reutrakul; Pravech Ajawatanawong; Sakda Khoomrung

doi:10.1186/s12870-023-04074-5

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저자정보: Kwanjeera Wanichthanarak Intawat Nookaew Phongthana Pasookhush Thidathip Wongsurawat Piroon Jenjaroenpun Namkhang Leeratsuwan Songsak Wattanachaisaereekul Wonnop Visessanguan Yongyut Sirivatanauksorn Narong Nuntasaen Chutima Kuhakarn Vichai Reutrakul Pravech Ajawatanawong Sakda Khoomrung

출처: Springer Science and Business Media LLC BMC Plant Biology 23(1)

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In summary, we successfully demonstrated the use of comprehensive genomic data, including DNA and amino acid sequences, to build a reliable and high-resolution phylogenetic tree for the family Rhamnaceae. Additionally, our study indicates that the revision of genome annotation before comparative genomic analyses is necessary to prevent the propagation of errors and complications in downstream analysis and interpretation.

#Biology #Phylogenetic tree #Indel #Genome #Evolutionary biology #Rhamnaceae #Phylogenomics #Phylogenetics #Intergenic region #Genetics #Gene #Botany #Clade #Single-nucleotide polymorphism

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