Weighted gene co-expression network analysis revealed T cell differentiation associated with the age-related phenotypes in COVID-19 patients

Yao Lin; Yueqi Li; Hubin Chen; Meng Jun; Jingyi Li; Jiemei Chu; Ruili Zheng; Hailong Wang; Peijiang Pan; Jinming Su; Junjun Jiang; Li Ye; Hao Liang; Sanqi An

doi:10.1186/s12920-023-01490-2

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Yao Lin Yueqi Li Hubin Chen Meng Jun Jingyi Li Jiemei Chu Ruili Zheng Hailong Wang Peijiang Pan Jinming Su Junjun Jiang Li Ye Hao Liang Sanqi An

출처: Springer Science and Business Media LLC BMC Medical Genomics 16(1)

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The risk of severe condition caused by Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) increases with age. However, the underlying mechanisms have not been clearly understood. The dataset GSE157103 was used to perform weighted gene co-expression network analysis on 100 COVID-19 patients in our analysis. Through weighted gene co-expression network analysis, we identified a key module which was significantly related with age. This age-related module could predict Intensive Care Unit status and mechanical-ventilation usage, and enriched with positive regulation of T cell receptor signaling pathway biological progress. Moreover, 10 hub genes were identified as crucial gene of the age-related module. Protein-protein interaction network and transcription factors-gene interactions were established. Lastly, independent data sets and RT-qPCR were used to validate the key module and hub genes. Our conclusion revealed that key genes were associated with the age-related phenotypes in COVID-19 patients, and it would be beneficial for clinical doctors to develop reasonable therapeutic strategies in elderly COVID-19 patients.

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