CNETML: maximum likelihood inference of phylogeny from copy number profiles of multiple samples

Bingxin Lu; Kit Curtius; Trevor A. Graham; Ziheng Yang; C. Barnes

doi:10.1186/s13059-023-02983-0

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Bingxin Lu Kit Curtius Trevor A. Graham Ziheng Yang C. Barnes

출처: Springer Science and Business Media LLC Genome Biology 24(1)

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Phylogenetic trees based on copy number profiles from multiple samples of a patient are helpful to understand cancer evolution. Here, we develop a new maximum likelihood method, CNETML, to infer phylogenies from such data. CNETML is the first program to jointly infer the tree topology, node ages, and mutation rates from total copy numbers of longitudinal samples. Our extensive simulations suggest CNETML performs well on copy numbers relative to ploidy and under slight violation of model assumptions. The application of CNETML to real data generates results consistent with previous discoveries and provides novel early copy number events for further investigation.

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