Genome-wide association studies and fine-mapping identify genomic loci for n-3 and n-6 polyunsaturated fatty acids in Hispanic American and African American cohorts

Chaojie Yang; Jenna Veenstra; Traci M. Bartz; Matthew C. Pahl; Brian Hallmark; Yii‐Der Ida Chen; Jason Westra; Lyn M. Steffen; Christopher D. Brown; David S. Siscovick; Michael Y. Tsai; Alexis C. Wood; Stephen S. Rich; Caren E. Smith; Timothy D. O’Connor; Dariush Mozaffarian; Struan F.A. Grant; Floyd H. Chilton; Nathan Tintle; Rozenn N. Lemaître; Ani Manichaikul

doi:10.1038/s42003-023-05219-w

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Chaojie Yang Jenna Veenstra Traci M. Bartz Matthew C. Pahl Brian Hallmark Yii‐Der Ida Chen Jason Westra Lyn M. Steffen Christopher D. Brown David S. Siscovick Michael Y. Tsai Alexis C. Wood Stephen S. Rich Caren E. Smith Timothy D. O’Connor Dariush Mozaffarian Struan F.A. Grant Floyd H. Chilton Nathan Tintle Rozenn N. Lemaître Ani Manichaikul

출처: Springer Science and Business Media LLC Communications Biology 6(1)

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Omega-3 (n-3) and omega-6 (n-6) polyunsaturated fatty acids (PUFAs) play critical roles in human health. Prior genome-wide association studies (GWAS) of n-3 and n-6 PUFAs in European Americans from the CHARGE Consortium have documented strong genetic signals in/near the FADS locus on chromosome 11. We performed a GWAS of four n-3 and four n-6 PUFAs in Hispanic American (n = 1454) and African American (n = 2278) participants from three CHARGE cohorts. Applying a genome-wide significance threshold of P < 5 × 10<sup>-8</sup>, we confirmed association of the FADS signal and found evidence of two additional signals (in DAGLA and BEST1) within 200 kb of the originally reported FADS signal. Outside of the FADS region, we identified novel signals for arachidonic acid (AA) in Hispanic Americans located in/near genes including TMX2, SLC29A2, ANKRD13D and POLD4, and spanning a > 9 Mb region on chromosome 11 (57.5 Mb ~ 67.1 Mb). Among these novel signals, we found associations unique to Hispanic Americans, including rs28364240, a POLD4 missense variant for AA that is common in CHARGE Hispanic Americans but absent in other race/ancestry groups. Our study sheds light on the genetics of PUFAs and the value of investigating complex trait genetics across diverse ancestry populations.

#Genome-wide association study #Genetics #Genetic association #Polyunsaturated fatty acid #Locus (genetics) #Biology #Genetic genealogy #Gene #Single-nucleotide polymorphism #Genotype #Population #Medicine #Fatty acid

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