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<i>Euphorbia prostrata</i> Aiton 1789, an annual herb, is native to tropical and subtropical Americas and was introduced into many parts of the Old-World including Korea. We determined the genomic characteristics of the complete chloroplast genome of <i>E. prostrata</i> with a <i>de novo</i> assembly strategy. The complete chloroplast genome was 162,858 bp long, and harbored 86 protein coding, 37 tRNA and 8 rRNA. The genome showed the typical quadripartite structure consisting of a large single copy (LSC) (90,580 bp), a small single copy (SSC) (18,570 bp) and a pair of inverted repeats (IRs) (26,854 bp). The phylogenetic tree inferred from chloroplast genomes of 25 taxa, which belong to Euphorbiaceae indicated that the <i>Euphorbia</i> is a monophyletic group and <i>E. prostrata</i> is closely related with <i>E. humifusa</i>, <i>E. thymifolia</i> and <i>E. hirta,</i> forming a well-supported clade. Our findings can be valuable for understanding the phylogenetic relationships and the evolution in Euphorbiaceae and will provide basic information for future studies on <i>E. prostrata</i> from genomic perspective.
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