Proteogenomic analysis of enriched HGSOC tumor epithelium identifies prognostic signatures and therapeutic vulnerabilities

Nicholas W. Bateman; Tamara Abulez; Anthony R. Soltis; Andrew McPherson; Seongmin Choi; Dale W. Garsed; Ahwan Pandey; Chunqiao Tian; Brian L. Hood; Kelly A. Conrads; Pang-ning Teng; Julie Oliver; Glenn Gist; Dave Mitchell; Tracy J. Litzi; Christopher M. Tarney; Barbara A. Crothers; Paulette Mhawech‐Fauceglia; Clifton L. Dalgard; Matthew D. Wilkerson; Mariaelena Pierobon; Emanuel F. Petricoin; Chunhua Yan; Daoud Meerzaman; Clara Bodelón; Nicolas Wentzensen; Jerry Lee; Sasha C. Makohon‐Moore; Waleed Barakat; Xijun Zhang; Allison L. Hunt; Wei Ao; Stacey L. Lytle-Gabbin; Yovanni Casablanca; Chad A. Hamilton; Miranda Newell; J. Mitchell Wells; Gauthaman Sukumar; Dagmar Bačíková; John Freyman; David E. Cohn; Andrew Berchuck; Laura J. Havrilesky; Linda Duska; Adekunle Odunsi; Anil K. Sood; James D. Brenton; Evis Sala; Christina M. Annunziata; Oliver Dorigo; Brad H. Nelson; Dawn R. Cochrane; Kathleen Moore; Elisa Baldelli; Qing-rong Chen; Ying Hu; Sián Fereday; Nadia Traficante; Anna DeFazio; Ellen L. Goode; David G. Huntsman; Sohrab P. Shah; Craig D. Shriver; Neil T. Phippen; Kathleen M. Darcy; David D.L. Bowtell; Thomas P. Conrads; G. Larry Maxwell

doi:10.1038/s41698-024-00519-8

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Nicholas W. Bateman Tamara Abulez Anthony R. Soltis Andrew McPherson Seongmin Choi Dale W. Garsed Ahwan Pandey Chunqiao Tian Brian L. Hood Kelly A. Conrads Pang-ning Teng Julie Oliver Glenn Gist Dave Mitchell Tracy J. Litzi Christopher M. Tarney Barbara A. Crothers Paulette Mhawech‐Fauceglia Clifton L. Dalgard Matthew D. Wilkerson Mariaelena Pierobon Emanuel F. Petricoin Chunhua Yan Daoud Meerzaman Clara Bodelón Nicolas Wentzensen Jerry Lee Sasha C. Makohon‐Moore Waleed Barakat Xijun Zhang Allison L. Hunt Wei Ao Stacey L. Lytle-Gabbin Yovanni Casablanca Chad A. Hamilton Miranda Newell J. Mitchell Wells Gauthaman Sukumar Dagmar Bačíková John Freyman David E. Cohn Andrew Berchuck Laura J. Havrilesky Linda Duska Adekunle Odunsi Anil K. Sood James D. Brenton Evis Sala Christina M. Annunziata Oliver Dorigo Brad H. Nelson Dawn R. Cochrane Kathleen Moore Elisa Baldelli Qing-rong Chen Ying Hu Sián Fereday Nadia Traficante Anna DeFazio Ellen L. Goode David G. Huntsman Sohrab P. Shah Craig D. Shriver Neil T. Phippen Kathleen M. Darcy David D.L. Bowtell Thomas P. Conrads G. Larry Maxwell

출처: Springer Science and Business Media LLC npj Precision Oncology 8(1)

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We performed a deep proteogenomic analysis of bulk tumor and laser microdissection enriched tumor cell populations from high-grade serous ovarian cancer (HGSOC) tissue specimens spanning a broad spectrum of purity. We identified patients with longer progression-free survival had increased immune-related signatures and validated proteins correlating with tumor-infiltrating lymphocytes in 65 tumors from an independent cohort of HGSOC patients, as well as with overall survival in an additional 126 HGSOC patient cohort. We identified that homologous recombination deficient (HRD) tumors are enriched in pathways associated with metabolism and oxidative phosphorylation that we validated in independent patient cohorts. We further identified that polycomb complex protein BMI-1 is elevated in HR proficient (HRP) tumors, that elevated BMI-1 correlates with poor overall survival in HRP but not HRD HGSOC patients, and that HRP HGSOC cells are uniquely sensitive to BMI-1 inhibition.

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