SynGenes: a Python class for standardizing nomenclatures of mitochondrial and chloroplast genes and a web form for enhancing searches for evolutionary analyses

Luan Pinto Rabelo; Davidson Sodré; Rodrigo Petry Corrêa de Sousa; Luciana Watanabe; Grazielle Gomes; Iracilda Sampaio; Marcelo Vallinoto

doi:10.1186/s12859-024-05781-y

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Luan Pinto Rabelo Davidson Sodré Rodrigo Petry Corrêa de Sousa Luciana Watanabe Grazielle Gomes Iracilda Sampaio Marcelo Vallinoto

출처: Springer Science and Business Media LLC BMC Bioinformatics 25(1)

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The SynGenes platform offers a solution for standardizing gene nomenclatures of mitochondrial and chloroplast genes and providing a standardized search solution for specific markers in GenBank. Evaluation of SynGenes effectiveness through research conducted on GenBank and PubMedCentral demonstrated its ability to yield a greater number of outcomes compared to conventional searches, ensuring more comprehensive and accurate results. This tool is crucial for accurate database searches, and consequently, evolutionary analyses, addressing the challenges posed by non-standardized gene nomenclature.

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