A chromosome-level genome assembly and annotation of the medicinal plant Lepidium apetalum

Hang Yan; Yunhao Zhu; Haoyu Jia; Yuanjun Li; Yongguang Han; Xiaoke Zheng; Xiule Yue; Le Zhao; Weisheng Feng

doi:10.1186/s12863-024-01243-9

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Hang Yan Yunhao Zhu Haoyu Jia Yuanjun Li Yongguang Han Xiaoke Zheng Xiule Yue Le Zhao Weisheng Feng

출처: Springer Science and Business Media LLC BMC Genomic Data 25(1)

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We completed chromosome-level genome assembly of the L. apetalum genome (2n = 32), using Illumina HiSeq and PacBio Sequel sequencing platform as well as high-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) technique. The assembled genome was 296.80 Mb in size, 34.41% in GC content, and 23.89% in repeated sequence content, including 316 contigs with a contig N50 of 16.31 Mb. Hi-C scaffolding resulted in 16 chromosomes occupying 99.79% of the assembled genome sequences. A total of 46 584 genes and 105 pseudogenes were predicted, 98.37% of which can be annotated to Nr, GO, KEGG, TrEMBL, SwissPort, Pfam and KOG databases. The high-quality reference genome generated by this study will provide accurate genetic information for the molecular biology research of L. apetalum.

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