SNP profiling of Elaeis oleifera (H.B.K) Cortes germplasm in Ucayali, Peru using Genotyping-by-Sequencing (GBS)

Alina Camacho-Villalobos; Orson Mestanza; Rosa María Cabrera Pintado; Glendy Sánchez Sunción; Jorge Bendezú

doi:10.1186/s13104-025-07336-7

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Alina Camacho-Villalobos Orson Mestanza Rosa María Cabrera Pintado Glendy Sánchez Sunción Jorge Bendezú

출처: Springer Science and Business Media LLC BMC Research Notes 18(1)

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The GBS analysis successfully identified 22,703 informative single-nucleotide polymorphisms (SNPs) across the twelve-year-old plant genomes (n = 42). Observed heterozygosity (Ho = 0.3086) and expected heterozygosity index (He = 0.3385) were quantified. The fixation index (Fst = 0.0048) indicated low genetic differentiation within the germplasm. However, the presence of two genetic clusters (C_1 and C_2) distributed homogenously within the studied population has been detected; the origin of these clusters could be mainly associated with the initial management of the germplasm nucleus within Peru. The extensive SNP dataset provides a comprehensive genetic map that is invaluable for the conservation and enhancement of Elaeis oleifera in our region.

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