Direct and bisulfite-free 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine sequencing at single-cell resolution with scTAPS and scCAPS +

Xiufei Chen; Jingfei Cheng; Linzhen Kong; Xiao Ou Shu; Haiqi Xu; Masato Inoue; Marion Silvana Fernández-Berrocal; Dagny Sanden Døskeland; Magnar Bjørås; Shivan Sivakumar; Yibin Liu; Jing Ye; Chun‐Xiao Song

doi:10.1186/s13059-025-03708-1

학술저널 cc-by Full-text

저자정보: Xiufei Chen Jingfei Cheng Linzhen Kong Xiao Ou Shu Haiqi Xu Masato Inoue Marion Silvana Fernández-Berrocal Dagny Sanden Døskeland Magnar Bjørås Shivan Sivakumar Yibin Liu Jing Ye Chun‐Xiao Song

출처: Springer Science and Business Media LLC Genome Biology 26(1)

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We present direct sequencing methodologies, scTAPS for 5-methylcytosine (5mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) and scCAPS + specifically for 5hmC, enabling quantitative detection of 5mC and 5hmC at single-base resolution and single-cell level. Achieving approximately 90% mapping efficiency, our plate-based methods accurately recover 5mC and 5hmC profiles in CD8 + T and mouse embryonic stem cells. Notably, scCAPS + reveals a global increase in 5hmC across neuronal and non-neuronal cells in the hippocampus of aging mice. Our methods offer strong potential for seamless integration into high-throughput single-cell multi-omics, facilitating future investigations of epigenomic dynamics in specific biological processes.

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