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한국지능정보시스템학회 지능정보연구 한국지능정보시스템학회논문지 제13권 제2호
발행연도
2007.6
수록면
55 - 68 (14page)

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분자 생물학(computational molecular biology) 분야에서 DNA 염기 서열 배치 알고리즘은 다양한 방법으로 개선되어 왔다. 본 논문에서는 기존의 DNA 염기의 품질 정보(quality information)를 이용한 DNA 염기 서열 배치방법을 개선하기 위하여 퍼지 논리 시스템(fuzzy logic system)과 DNA 염기 서열 단편의 특징을 적용한 품질 정보와 퍼지 추론 기법을 이용한 DNA 염기 서열 배치 알고리즘을 제안한다. 기존의 알고리즘은 Needleman-Wunsch가 제안한 전역 배치 알고리즘에 각 DNA 염기의 품질 정보를 적용하여 DNA 염기 서열 배치 점수를 계산하였다. 그러나 전체 DNA 염기의 품질 정보를 이용하여 계산하기 때문에 DNA 염기 말단 부분의 품질이 낮은 경우에는 DNA 염기 서열 배치 점수를 계산하는 과정에서 오차가 발생한다. 본 논문에서는 기존의 품질 정보를 이용한 알고리즘을 개선하여 DNA 염기 서열의 말단 부위의 품질이 낮은 경우에도 정확히 서열을 배치할 수 있도록 한다. 또한 DNA 염기 서열 단편의 길이와 낮은 품질의 DNA 염기 빈도를 퍼지 논리 시스템에 적용하여 DNA 염기 서열배치 점수를 계산하는데 적용되는 매핑 점수 인자(parameter)를 동적으로 조정한다. 제안된 알고리즘의 성능 평가를 위해 NCBI(National Center for Biotechnology Information)의 실체 유전체 데이터를 받아 성능을 분석한 결과, 제안된 알고리즘이 기존의 품질 정보만을 이용한 알고리즘 보다 DNA 염기 서열 배치에 있어서 효율적임을 확인하였다.
#DNA sequence alignment algorithms #Quality information #Fuzzy inference method #Mapping score parameters #Needleman-Wunsch #NCBI (National Center for Biotechnology Information)

목차

1. 서론
2. 품질 정보
3. 제안된 DNA 염기 서열 배치 알고리즘
4. 실험 및 결과 분석
5. 결론
참고문헌
Abstract

참고문헌 (9)

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1. [학술지(정기간행물)] - / 1995 / Introduction to Computational Biology google schola 2. [학술지(정기간행물)] - / 1997 / Algorithms on Strings, Trees and Sequences:Computer Science and Computational Biology google schola 3. [학술지(정기간행물)] - / 1998 / Sequence Alignment in Molecular Biology 5 (2) : 173 ~ 196 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - / 2000 / Computational Molecular Biology:An Algorithmic Approach google schola 5. [학술지(정기간행물)] - / 1970 / A general method applicable to the search for similarities in the aminoacid sequences of two proteins Journal of Molecular Biology google schola

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