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Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 제15권 제4호
발행연도
2009.4
수록면
284 - 288 (5page)

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이 논문의 연구 히스토리 (4)

2009

상호작용 중요도 행렬을 이용한 단백질-단백질 상호작용 예측
장우혁 ,  정석훈 ,  정휘성 외 2명 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 2009.10 학술저널
단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법
장우혁 ,  정석훈 ,  한동수 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 2009.04 학술저널

2008

단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법
장우혁 ,  정석훈 ,  한동수 한국정보과학회 학술발표논문집 2008.10 학술대회자료

2005

인간 및 초파리 단백질을 대상으로 한 도메인 조합 기반 단백질-단백질 상호작용 예측 기법 검증
장우혁 ,  한동수 ,  김홍숙 외 1명 한국정보과학회 학술발표논문집 2005.11 학술대회자료

초록· 키워드

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단백질 상호작용의 예측 및 실험 결과가 대용량으로 배포되면서 바이오 정보 기술 연구자들은 생명체 내의 단백질 상호작용 네트워크를 구성하기 위해 노력하여 왔다. 일반적으로 대용량의 상호작용 데이터들은 많은 오류를 포함한다고 알려져 있으나, 최근 단백질의 물리 화학적 특성 및 구조를 기반으로 한 방법들이 실제 실험과 병행되어 고화질(High resolution)의 결과를 제공하게 되면서, 특정 종에 대한 단백질 상호작용 네트워크가 점차 완성되고 있다. 그러나, 단순 물리적 링크 수준의 단백질 상호작용 네트워크만으로는 특정 병원체의 발병 메커니즘 규명 등과 같은 응용분야의 활용에 한계가 있다. 본 논문에서는 실험을 통하여 보고된 신호 전달 경로(signaling transduction pathway)를 이용하여 단백질 기능 간의 관계를 방향성이 있는 그래프로 표현한 단백질 기능 흐름 모델을 제시한다. 제안하는 모델은 Gene Ontology에서 정의된 molecular function을 정점(vertex)으로 가지고 이들 사이의 관계를 간선(edge)으로 표현함으로써 특정 기능의 전이를 살펴볼수 있다. 이러한 기능 흐름 모델은 수 만개의 정점(vertex)으로 구성된 단백질 상호작용 네트워크에서 의미 있는 경로를 추출하는 데에 제약 혹은 참조 조건으로 사용될 수 있어 향후 활용도가 클 것으로 기대한다. 평가는 KEGG에서 제공되는 11개의 인간 신호 전달 경로 각각에 대하여 대상 경로를 제외한 나머지로부터 생성된 모델과의 크론바하 알파 계수(Cronbach’s alpha)를 측정하였고(α=0.67), 총 1023개의 흐름 중 α=0.6 이상의 신뢰도에 대하여 총 765개의 흐름을 가지는 기능 흐름 모델을 최종 구성하였다.
#단백질 상호작용 #단백질 기능 흐름 모델 #신호전달 경로 #크론바하 알파 계수 #protein interaction #functional flow model #signal transduction pathway #Cronbach's alpha

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 실험 방법 및 결과
3. 고찰
4. 결론 및 향후 과제
참고문헌

참고문헌 (0)

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