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논문 기본 정보

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저자정보
장우혁 (한국과학기술연구소) 정석훈 (한국과학기술연구소) 정휘성 (한국과학기술연구소) 현보라 (삼성전자) 한동수 (한국과학기술연구소)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 제36권 제10호
발행연도
2009.10
수록면
851 - 860 (10page)

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이 논문의 연구 히스토리 (4)

2009

상호작용 중요도 행렬을 이용한 단백질-단백질 상호작용 예측
장우혁 ,  정석훈 ,  정휘성 외 2명 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 2009.10 학술저널
단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법
장우혁 ,  정석훈 ,  한동수 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 2009.04 학술저널

2008

단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법
장우혁 ,  정석훈 ,  한동수 한국정보과학회 학술발표논문집 2008.10 학술대회자료

2005

인간 및 초파리 단백질을 대상으로 한 도메인 조합 기반 단백질-단백질 상호작용 예측 기법 검증
장우혁 ,  한동수 ,  김홍숙 외 1명 한국정보과학회 학술발표논문집 2005.11 학술대회자료

초록· 키워드

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최근 계산을 통한 단백질 상호작용 예측 기법 중, 단백질 쌍이 포함하고 있는 도메인들 사이의 관계에 중점을 둔 도메인 정보 기반 예측 기법들이 다양하게 제안되고 있다. 하지만, 다수의 도메인 쌍들이 상호작용에 기여하는 정도를 정밀하게 반영하는 계산 기법은 드문 실정이다. 본 논문에서는 단백질 상호작용에 있어 도메인 조합 쌍의 상호작용 영향력을 수치화하여 반영한 상호작용 중요도 행렬을 고안하고 이를 기반으로 한 단백질 상호작용 예측 시스템을 구현한다. 일반적인 도메인 조합 기법과 달리, 상호작용 중요도 행렬에서는 상호작용을 위한 도메인간의 협업 확률이 고려된 Weighted 도메인 조합과, 다수의 Weighted 도메인 조합 중 실제 상호작용 주체가 될 확률을 도메인 조합 쌍의 힘(Domain Combination Pair Power, DCPPW)으로 수치화한다. DIP과 IntAct에서 얻어온 S. cerevisiae의 단백질 상호작용 데이터와 Pfam-A 도메인 정보를 사용한 정확도 검증 결과, 평균 63%의 민감도와 94%의 특이도를 확인하였으며, 학습집단의 증가에 따른 안정적인 예측 정확도 향상을 보였다. 본 논문에서 구현한 예측 시스템과 학습 데이터는 웹(http://code.google.com/p/prespi)을 통하여 내려 받을 수 있다.
#도메인 조합 쌍 #Weighted 도메인 조합 #도메인 조합 쌍의 힘 #단백질 상호작용 예측 #도메인 #domain combination pair #weighted domain combination #domain combination pair power #protein interaction prediction #possibility of domain collaboration

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 도메인 조합(Domain Combination)과 도메인 조합 쌍(Domain Combination Pair)
3. 상호작용 중요도 행렬(Interaction Significance, IS Matrix) 구축
4. 검증
5. 고찰
6. 결론
참고문헌

참고문헌 (14)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - Marcotte, E. / 1999 / Detecting protein function and protein-protein interactions from genome sequences / Science 285 : 751 ~ 753 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - Szilagyi A / 2005 / Prediction of physical protein-protein interactions / Phys Biol. 2 : S1 ~ S16 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - Sprinzak, E. / 2001 / Correlated sequence- signatures as markers of protein-protein interaction / J. Mol. Biol. 311 : 681 ~ 692 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - Deng, M. / 2002 / Inferring domain-domain interactions from protein-protein interactions / Genome Res. 12 : 1540 ~ 1548 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - Chen, L. / 2006 / Inferring protein interactions from experimental data by association probabilistic method / Proteins 62 : 833 ~ 837 google schola

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