DNA 직접추출법에 따른 산림토양 부식층 내 세균군집의 계통학적 다양성 비교

손희성; 한송이; 황경숙

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자료유형: 학술저널

저자정보: 손희성 (목원대학교) 한송이 (목원대학교) 황경숙 (목원대학교)

저널정보: 한국미생물학회 미생물학회지 미생물학회지 43권 3호

발행연도: 2007.9

수록면: 210 - 216 (7page)

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개량된 manual법과 ISOIL kit를 이용하여 산림토양의 부식층 토양시료로부터 추출한 DNA를 대상으로 16S rDNA PCR 증폭산물을 cloning하고 구축된 clone에 대해 ARDRA cluster 분석을 수행한 결과, 개량된 manual법에 의해 구축된 136 clones은 45개 ARDRA cluster로, ISOIL kit를 이용한 경우 총 76 clones은 44개 ARDRA cluster로 분류되었다. 각 clone cluster로부터 대표 clone을 선발하여 16S rDNA 염기서열을 결정한 결과, ISOIL kit의 경우 44개 대표 clone은 α-, β-, γ-, δ-Proteobacteria, Acidobacteria 및 Actinobacteria의 3개 phylum 계통군이 확인되었으며, 개량된 manual법에 의한 45개 대표 clone은 α-, β-, γ-, δ-Proteobacteria, Acidobacteria, Bacteroides, Verrucomicrobia, Planctomycetes, 그리고 Gemmatomonadetes의 총 6개 phylum의 다양한 계통군이 검출되었다. 이상의 결과로부터 개량된 manual법에 의해 추출된 DNA를 대상으로 계통학적 군집해석을 수행한 결과가 보다 더 다양한 계통군을 검출 할 수 있음이 밝혀졌다. 한편, ISOIL kit를 이용하여 구축된 총 clone 중 약 40%가 α-proteobacteria 계통군에 속하였으며, 약 30%가 γ-Proteobacteria 계통군에 속하여 우점 계통군으로 확인된 반면, manual법에 의해 구축된 clone의 41%가 Acidobacteria 계통군에 속하였고 α-proteobacteria (28%)가 우점 계통군으로 분포하는 계통학적 특징을 나타내어 DNA 추출법에 따라 토양 세균군집 구조의 계통학적 특성이 상이하게 나타나고 있음을 알 수 있었다.

#DNA extraction #humus forest soil #ISOIL kit #manual method #phylogenetic diversity

참고문헌 (32)

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1. [학술지(정기간행물)] - 임미라 / 2003 / 환경시료의 생물군집핵산community DNA 추출법 비교 5 : 17 ~ 19

2. [학술지(정기간행물)] - 한송이 / 2005 / 16S DNA ARDRA법을이용한 소나무림과 상수리나무림 토양 내 VBNC 세균군집의 계통학적 특성 비교 42 : 116 ~ 124

3. [학술지(정기간행물)] - 황경숙 / 1995 / 유기영양분 농도에 따른 토양세균의 증식양상과 통상 및 편성 저영양세균의 분리 21 : 319 ~ 324

4. [학술지(정기간행물)] - Alexander / 1985 / Introduction to soil microbiology

5. [학술지(정기간행물)] - Amagliani G / 2007 / Detection of Listeria monocytogenes using a commercial PCR kit and different DNA extraction methods 18 : 1137 ~ 1142

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