Genome Sequencing of Human Cytomegalovirus Strain LCW and Identification of Asia-specific Cluster

Ji Hye Kang; Jeong Hwa Yoon; Hye Rim Hwang; Chan Hee Lee

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자료유형: 학술저널

저자정보: Ji Hye Kang (Chungbuk National University) Jeong Hwa Yoon (Chungbuk National University) Hye Rim Hwang (Chungbuk National University) Chan Hee Lee (Chungbuk National University)

저널정보: 대한바이러스학회 JOURNAL OF BACTERIOLOGY AND VIROLOGY JOURNAL OF BACTERIOLOGY AND VIROLOGY Vol.48 No.4

발행연도: 2018.12

수록면: 147 - 155 (9page)

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Human cytomegalovirus (HCMV) is a ubiquitous human pathogen and contains double stranded DNA genome with approximately 230 kbp. Molecular genomic studies of HCMV have been attempted in order to understand the pathogenesis and evolution of HCMV. However, studies on HCMV strains of Asian origin are limited. In this study, it was attempted to understand the genomics of HCMV isolated from Korea. Clinical strain LCW isolated from Korean patient was passaged in vitro cell culture, and subjected to next-generation sequencing. Complete genome sequence was obtained and compared with other HCMV strains. The LCW genome was found to contain 170 open reading frames (ORFs) and two ORF (RL5A and RL13) of the strain LCW were found to be truncated due to early stop codon. Phylogenetic analysis suggested that the strain LCW was closely related with Asian strains such as HCMV strains JHC and HAN. Common nucleotide sequences among the 3 Asian strains distinguishable from other strains were detected at 197 sites including 104 sites in ORFs.

#Human cytomegalovirus #Genome sequence #Asian cluster

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[학술지(정기간행물)] - Sinclair J / 2014 / The intimate relationship between human cytomegalovirus and the dendritic cell lineage / Front Microbiol 5 : 389 ~

[학술지(정기간행물)] - Weller TH. / 1971 / The cytomegaloviruses: ubiquitous agents with protean clinical manifestations / N Engl J Med 285 : 203 ~ 214

[학술지(정기간행물)] - Landolfo S / 2003 / The human cytomegalovirus / Pharmacol Ther 98 : 269 ~ 297

[학술지(정기간행물)] - Hassan J / 2007 / Translational Mini-Review Series on Infectious Disease: Congenital cytomegalovirus infection: 50 years on / Clin Exp Immunol 149 : 205 ~ 210

[학술지(정기간행물)] - Boeckh M / 2011 / Cytomegalovirus: pathogen, paradigm, and puzzle / J Clin Invest 121 : 1673 ~ 1680

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