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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- 한국자료분석학회 Journal of The Korean Data Analysis Society Journal of The Korean Data Analysis Society 제11권 제6호
- 발행연도
- 2009.1
- 수록면
- 2,965 - 2,980 (16page)
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상호 발현되는 유전자들은 공통적인 조절 기작을 수행할 것으로 보고 이러한 상호 발현되는 유전자들에서 over-represented TFBS를 선택하는 것은 생물학 연구에 중요한 역할을 할 수 있다. 비표적 유전자들에 비해 표적 유전자들에서 통계적으로 유의하게 많이 포함하고 있는 특정 전사 인자들을 선택함으로써 이 전사 인자들로부터 over-represented TFBS를 발견할 수 있다. 상호 발현되는 유전자들에서 over-represented TFBS를 선택하는 몇 가지 통계 검정 방법들이 사용되어오고 있으며, 이러한 방법들을 비교한 연구는 보고된 적이 없다. 본 연구에서는 over-represented TFBS를 선택하기 위해 사용되고 있는 피셔의 정확 검정, 카이제곱 검정, 초기하 방법과 Audic- Claverie 방법에 대해 두 개의 마이크로어레이 자료와 두 개의 전사 인자(transcription factor) 자료를 이용하여 비교하고 또한 다양한 상황에서 가장 적절한 방법을 선택하는 가이드라인을 제시하고자 한다. 우리의 비교 연구에서 Audic-Claverie 방법이 가장 좋은 검정력을 보였다.
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참고문헌 (15)
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Audic S / 1997 / The significance of digital gene expression profiles / Genome Research 7 : 986 ~ 995
Covert, M. W / 2004 / Integrating high-throughput and computational data elucidates bacterial networks / Nature 492 : 92 ~ 96
Elkon, R / 2003 / Genome-wide in silico identification of transcriptional regulators controlling the cell cycle in human cells / Genome Research 13 : 773 ~ 780
Hogg, R. V / 1995 / Introduction to Mathematical Statistics / Prentice-Hall
Jin, V. X / 2004 / Identifying estrogen receptor target genes using integrated computational genomics and chromatin immunoprecipitation microarray / Nucleic Acids Research 32
Covert, M. W / 2004 / Integrating high-throughput and computational data elucidates bacterial networks / Nature 492 : 92 ~ 96
Elkon, R / 2003 / Genome-wide in silico identification of transcriptional regulators controlling the cell cycle in human cells / Genome Research 13 : 773 ~ 780
Hogg, R. V / 1995 / Introduction to Mathematical Statistics / Prentice-Hall
Jin, V. X / 2004 / Identifying estrogen receptor target genes using integrated computational genomics and chromatin immunoprecipitation microarray / Nucleic Acids Research 32
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