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논문 기본 정보

자료유형
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저자정보
저널정보
한국자료분석학회 Journal of The Korean Data Analysis Society Journal of The Korean Data Analysis Society 제20권 제6호
발행연도
2018.1
수록면
2,805 - 2,812 (8page)

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본 연구는 생명정보학(bio-informatics) 분야 중, 특정 병에 관련된 유전자 위치를 찾고자 DNA 시퀀싱(DNA sequencing) 방법을 이용한 메틸화(methylation) 데이터의 분석에 관한 것이다. 반복적인 시퀀싱 과정을 통해 도출되는 메틸화 여부 자료를 비율로 표현한 메틸화 점수는 0과 1사이의 값을 가지게 된다. 이러한 데이터에 집단별 메틸화 점수의 차이를 검토하기 위해 t-검정을 단순히 적용하는 것은 정규분포의 가정에 위배된다. 또한 메틸화 점수 생성과정에서 시퀀싱의 반복수에 따라 결과가 달라 질 수 있으므로 이러한 오차를 고려해서 분석할 수 있는 방법도 필요하다. 이에 본 논문에서는 메틸화 데이터를 하나의 숫자 데이터가 아닌 불확실성을 포함하는 구간형(interval) 데이터로 변환하여 분석하는 심볼릭 데이터 분석(symbolic data analysis) 및 구간형 K-S 검정법을 적용하였다. 또한 구간형 데이터로 변환하는 과정에서 정규분포를 이용하지 않고 베타분포를 이용하여 메틸화 점수의 특성을 반영하여 분석할 수 있게 하였다. 자료분석을 위하여 174명의 실제 암환자 및 정상인들의 DNA 시퀀싱 데이터를 이용하여 제안한 방법의 성질을 살펴보았다. t-검정은 위치모수에 관한 검정만 가능한 반면, 구간형 K-S 통계량은 구간자료에 대해 위치모수뿐만 아니라 분포함수의 이질성에 검정할 수 있으므로 t-검정이 놓칠 수 있는 유의미한 유전자 위치를 찾아낼 수 있음을 확인하였다.
#bio-informatics #methylation #K-S test statistics #interval data.

목차

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참고문헌 (9)

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Billard, L. / 2007 / Symbolic Data Analysis: Conceptual Statistics and Data Mining / John Wiley & Sons google schola Hedjazi, L. / 2013 / Symbolic data analysis to defy low signal-to-noise ratio in microarray data for breast cancer prognosis / Journal of Computational Biology 20(8):610~620 google schola Hlady, R. / 2014 / Epigenetic signatures of alcohol abuse and hepatitis infection during human hepatocarcinogenesis / Oncotarget 5(19):9425~9443 google schola 황용선 / 2013 / 사회네트워크분석을 이용한 질병 발현 유전자 탐색연구 / Journal of The Korean Data Analysis Society 15(2):677~684 dbpia 강길모 / 2014 / 주성분 로지스틱 회귀분석을 이용한 암 발생 관련 유전자 탐색 / Journal of The Korean Data Analysis Society 16(3):1241~1248 dbpia

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