Oral Metagenomic Analysis Techniques

Sung-Kyun Chung

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자료유형: 학술저널

저자정보: Sung-Kyun Chung

저널정보: 한국치위생과학회 치위생과학회지 치위생과학회지 제19권 제2호

발행연도: 2019.1

수록면: 86 - 95 (10page)

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The modern era of microbial genome analysis began in earnest in the 2000s with the generalization of metagenomics and gene sequencing techniques. Studying complex microbial community such as oral cavity and colon by a pure culture is considerably ineffective in terms of cost and time. Therefore, various techniques for genomic analysis have been developed to overcome the limitation of the culture method and to explore microbial communities existing in the natural environment at the gene level. Among these, DNA fingerprinting analysis and microarray chip have been used extensively; however, the most recent method of analysis is metagenomics. The study summarily examined the overview of metagenomics analysis techniques, as well as domestic and foreign studies on disease genomics and cluster analysis related to oral metagenome. The composition of oral bacteria also varies across different individuals, and it would become possible to analyze what change occurs in the human body depending on the activity of bacteria living in the oral cavity and what causality it has with diseases. Identification, isolation, metabolism, and presence of functional genes of microorganisms are being identified for correlation analysis based on oral microbial genome sequencing. For precise diagnosis and treatment of diseases based on microbiome, greater effort is needed for finding not only the causative microorganisms, but also indicators at gene level. Up to now, oral microbial studies have mostly involved metagenomics, but if metatranscriptomic, metaproteomic, and metabolomic approaches can be taken together for assessment of microbial genes and proteins that are expressed under specific conditions, then doing so can be more helpful for gaining comprehensive understanding.

참고문헌 (63)

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Elizabeth A. Grice / 2012 / The Human Microbiome: Our Second Genome / Annual Review of Genomics and Human Genetics 13(1):151~170

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J. Peterson / 2009 / The NIH Human Microbiome Project / Genome Research 19(12):2317~2323

J T Staley / 1985 / Measurement of in Situ Activities of Nonphotosynthetic Microorganisms in Aquatic and Terrestrial Habitats / Annual Review of Microbiology 39(1):321~346

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