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저자정보
Vieira, Helena Henriques (Ecology and Natural Resources Post-graduation Program [PPGERN], Laboratory of Phycology, Botany Department, Federal University of Sao Carlos) Bagatini, Inessa Lacativa (Ecology and Natural Resources Post-graduation Program [PPGERN], Laboratory of Phycology, Botany Department, Federal University of Sao Carlos) Guinart, Carla Marques (Molecular Laboratory of Biodiversity and Conservation, Genetic and Evolution Department, Federal University of Sao Carlos) Vieira, Armando Augusto Henriques (Ecology and Natural Resources Post-graduation Program [PPGERN], Laboratory of Phycology, Botany Department, Federal University of Sao Carlos)
저널정보
한국조류학회(藻類) Algae Algae 제31권 제2호
발행연도
2016.1
수록면
155 - 165 (11page)

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Green microalgae from the class Chlorophyceae represent a major biodiversity component of eukaryotic algae in continental water. Identification and classification of this group through morphology is a hard task, since it may present cryptic species and phenotypic plasticity. Despite the increasing use of molecular methods for identification of microorganisms, no single standard barcode marker is yet established for this important group of green microalgae. Some available studies present results with a limited number of chlorophycean genera or using markers that require many different primers for different groups within the class. Thus, we aimed to find a single marker easily amplified and with wide coverage within Chlorophyceae using only one pair of primers. Here, we tested the universality of primers for different genes (tufA, ITS, rbcL, and UCP4) in 22 strains, comprising 18 different species from different orders of Chlorophyceae. The ITS primers sequenced only 3 strains and the UCP primer failed to amplify any strain. We tested two pairs of primers for rbcL and the best pair provided sequences for 10 strains whereas the second one provided sequences for only 7 strains. The pair of primers for the tufA gene presented good results for Chlorophyceae, successfully sequencing 21 strains and recovering the expected phylogeny relationships within the class. Thus, the tufA marker stands out as a good choice to be used as molecular marker for the class.
#ITS #molecular marker #phylogeny #rbcL #tufA #UCP4

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참고문헌 (65)

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Alberghina, J. S. / 2006 / Phylogenetic position of the Oedogoniales within the green algae (Chlorophyta) and the evolution of the absolute orientation of the flagellar apparatus / Plant Syst. Evol 261:151~163 google schola Altschul, S. F. / 1990 / Basic local alignment search tool / J. Mol. Biol 215:403~410 google schola An, S. S. / 1999 / Phylogenetic relationships of Scenedesmus and Scenedesmus-like coccoid green algae as inferred from ITS-2 rDNA sequence comparisons / Plant Biol 1:418~428 google schola Baldauf, S. L. / 1990 / Different fates of the chloroplast tufA gene following its transfer to the nucleus in green algae / Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 87:5317~5321 google schola Buchheim, M. A. / 1991 / Phylogeny of the colonial green flagellates : a study of 18S and 26S rRNA sequence data / Biosystems 25:85~100 google schola

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