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저자정보
전윤선 (연세대학교) Manu Shivakumar (Department of Biostatistics Epidemiology and Informatics The Perelman School of Medicine Universi) 김도균 (Department of Biostatistics Epidemiology and Informatics The Perelman School of Medicine Universi) 김창성 (연세대학교) 이중석 (연세대학교)
저널정보
대한치주과학회 Journal of Periodontal & Implant Science Journal of Periodontal & Implant Science 제51권 제1호
발행연도
2021.1
수록면
18 - 29 (12page)

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Purpose: The aim of this study was to compare the characteristic expression patterns of advanced periodontitis in 2 cohort data sets analyzed using different microarray platforms, and to identify differentially expressed genes (DEGs) through a meta-analysis of both data sets. Methods: Twenty-two patients for cohort 1 and 40 patients for cohort 2 were recruited with the same inclusion criteria. The 2 cohort groups were analyzed using different platforms: Illumina and Agilent. A meta-analysis was performed to increase reliability by removing statistical differences between platforms. An integrative meta-analysis based on an empirical Bayesian methodology (ComBat) was conducted. DEGs for the integrated data sets were identified using the limma package to adjust for age, sex, and platform and compared with the results for cohorts 1 and 2. Clustering and pathway analyses were also performed. Results: This study detected 557 and 246 DEGs in cohorts 1 and 2, respectively, with 146 and 42 significantly enriched gene ontology (GO) terms. Overlapping between cohorts 1 and 2 was present in 59 DEGs and 18 GO terms. However, only 6 genes from the top 30 enriched DEGs overlapped, and there were no overlapping GO terms in the top 30 enriched pathways. The integrative meta-analysis detected 34 DEGs, of which 10 overlapped in all the integrated data sets of cohorts 1 and 2. Conclusions: The characteristic expression pattern differed between periodontitis and the healthy periodontium, but the consistency between the data sets from different cohorts and metadata was too low to suggest specific biomarkers for identifying periodontitis.
#Keywords: Meta-analysis #Microarray analysis #Periodontitis #Transcriptome

목차

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Gresham D / 2008 / Comparing whole genomes using DNA microarrays / Nat Rev Genet 9:291~302 google schola Meyle J / 2015 / Molecular aspects of the pathogenesis of periodontitis / Periodontol 2000 69:7~17 google schola Jönsson D / 2011 / Gingival tissue transcriptomes in experimental gingivitis / J Clin Periodontol 38:599~611 google schola Taiete T / 2018 / Transcriptome of healthy gingival tissue from edentulous sites in patients with a history of generalized aggressive periodontitis / J Periodontol 89:93~104 google schola Offenbacher S / 2009 / Gingival transcriptome patterns during induction and resolution of experimental gingivitis in humans / J Periodontol 80:1963~1982 google schola

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