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자료유형
학술저널
저자정보
Xiangbo Zhang (Guangdong Academy of Sciences) Yang Cui (Sichuan Academy of Agricultural) Juxuan Wang (Yunnan Yingmao Sugar Industry (Group) Co. LTD) Yonghong Huang (Guangdong Academy of Sciences) Yongwen Qi (Guangdong Academy of Sciences)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.43 No.5
발행연도
2021.1
수록면
433 - 446 (14page)

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Background The biological pathways related to Arabidopsis seed development have been well studied and functional genes involved in it have been discovered. However, functional studies about maize seed development were more limited compared to Arabidopsis. Objective Therefore, transferring knowledge from Arabidopsis into maize would facilitate functional studies about maize seed development. Method In this study, public transcriptome data of the two species related to seed development were obtained. Co-expression network in each species was compared by integrating orthology information. Results This conserved co-functional network contained 4510 maize and 4808 Arabidopsis genes, respectively. Most of these genes were expressed in throughout embryo, early or later endosperm/seed. These conserved co-functional genes were significantly enriched for members of PPR protein family, which was consistent with that PPR proteins play an important role in maize seed development. Spatial-temporally co-functional genes were discovered in the seed coat and embryo. Furthermore, 66 well-studied genes involved in Arabidopsis seed development were co-functional with 319 maize genes and one maize gene (GRMZM2G036050) was further confirmed using an EMS-induced seed defective mutant by bulked segregating RNA sequencing (BSR) analysis. Conclusions Altogether, these results showed the potential of this approach to support functional studies in maize seed development by transferring knowledge from Arabidopsis.
#Conserved co-functional network · Arabidopsis · Maize · Seed development · Transferring knowledge

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참고문헌 (40)

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Belmonte MF / 2013 / Comprehensive developmental profles of gene activity in regions and subregions of the Arabidopsis seed / Proc Natl Acad Sci USA 110:435~444 google schola Bennetzen JL / 2009 / Handbook of maize: its biology / Springer google schola Chen J / 2014 / Dynamic transcriptome landscape of maize embryo and endosperm development / Plant Physiol 166:252~264 google schola Cingolani P / 2012 / A program for annotating and predicting the efects of single nucleotide polymorphisms / SnpEf FLY 6:80~92 google schola Clemente HS / 2009 / Bioinformatics as a tool for assessing the quality of sub-cellular proteomic strategies and inferring functions of proteins : plant cell wall proteomics as a test case / Bioinform Biol Insights 3:15~28 google schola

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