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학술저널
저자정보
Jin Xun (Zhejiang Ocean University China) Guo Xingle (Zhejiang Ocean University China) Chen Jian (Zhejiang Ocean University China) Li Jiasheng (Zhejiang Ocean University China) Zhang Shufei (Chinese Academy of Fisheries Sciences China) Zheng Sixu (Zhejiang Ocean University China) Wang Yunpeng (Zhejiang Ocean University China) Peng Ying (Zhejiang Ocean University China) Zhang Kun (Zhejiang Ocean University China) Liu Yifan (Zhejiang Ocean University China) Liu Bingjian (Zhejiang Ocean University China)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.45 No.3
발행연도
2023.3
수록면
377 - 391 (15page)
DOI
10.1007/s13258-022-01319-9

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Background In this study, the complete mitogenome of Hemigrapsus sinensis was the first identified and analyzed. Objective The complete mitochondrial genome of Hemigrapsus sinensis (Brachyura, Grapsoidea, Varunidae) and its phylogenetic position within Grapsoidea. Methods The sample of Hemigrapsus sinensis was collected and DNA was extracted. After sequencing, NOVOPlasty was used for sequence assembly. Annotate sequences with MITOS WebServer, tRNAscan-SE2.0, and NCBI database. MEGA was used for sequence analysis and Phylosuite was used for phylogenetic tree construction. DnaSP was used to calculate Ka/Ks. Results This mitochondrial genome shows that it was 15,900 bp and encoded 13 PCGs, 22 tRNA genes, two rRNA genes, and one control region. The genome composition tends to A + T (74.34%) and presents a negative GC-skew (− 0.22) and AT-skew (− 0.03). The PCGs initiation codon was the typical ATN and termination codon was the typical TAN, incomplete T or missing. The ML and BI trees showed that H. sinensis was most closely related to Hemigrapsus and clustered together with the Varunidae. And our phylogenetic trees provide proof that Ocypodoidea and Grapsoidea may be of common origin. Meanwhile, in the phylogenetic tree, parallel mixing of Chiromantes and Orisarma raised doubts over the traditional classification system. Besides, Incomplete Lineage sorting (ILS) was observed in Varunidae. In the subsequent analysis of evolution rate, we found that all of the PCGs (NAD4 was not calculated) had undergone negative selections, indicating the conservation of mitochondrial genes of H. sinensis during the evolution. Conclusion Therefore, researching the complete mitogenome of H. sinensis would be contributing to molecular taxonomy, phylogenetic relationship, and breeding optimization within the Grapsoidea superfamily.
#Grapsoidea · Hemigrapsus sinensis · Mitogenome · Phylogenetic

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