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자료유형
학술저널
저자정보
Lee Yong Jin (Kangwon National University) Uh Yo Ram (Kangwon National University) Kim Yeon Mi (Kangwon National University) Kim Cheol Min (Kangwon National University) Jang Cheol Seong (Kangwon National University)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes and Genomics Vol.46 No.3
발행연도
2024.3
수록면
355 - 365 (11page)
DOI
10.1007/s13258-023-01472-9

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Background Many species of red algae belonging to the phylum Rhodophyta are consumed by humans as raw materials for nutrition and medicine. As the seaweed market grows, the importance of the laver species has increased. The classification of red algal species has changed significantly, and the accuracy of this classification has improved significantly in recent years. Here, we report the complete circular genomes of the chloroplasts (cp) and mitochondria (mt) of three laver species (Neoporphyra dentata, Neoporphyra seriata, and Neopyropia yezoensis). Objective This study aims to assemble, annotate, and characterize the organization of the organelle genomes of three laver species, conduct comparative genomic studies, and develop molecular markers based on SNPs. Methods We analyzed organelle genome structures, repeat sequences, sequence divergence, gene rearrangements, and phylogenetic relationships of three laver species. Results The chloroplast genomes of the three species contained an average of 212 protein-coding genes (PCGs), while the mitochondrial genomes contained an average of 25 PCGs. We reconstructed the phylogenetic trees based on both chloroplast and mitochondrial genomes using 201 and 23 PCGs (in cp and mt genomes, respectively) shared in the class Bangiophyceae (and five species of Florideophyceae class used as an outgroup). In addition, 12 species-specific molecular markers were developed for qRT-PCR analysis. Conclusions This is the first report of Neoporphyra seriata complete organellar genomes. With the results, this study provides useful genetic information regarding taxonomic discrepancies, the reconstruction of phylogenetic trees, and the evolution of red algae. Moreover, the species-specific markers can be used as fast and easy methods to identify a target species.

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