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학술저널
저자정보
이성일 (한국원자력연구원) Kabwe Nkongolo (Laurentian University) 박두리 (강원대학교) 최익영 (강원대학교) 최아영 ((주)디엔에이케어) 김남수 (강원대학교)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.41 No.3
발행연도
2019.1
수록면
305 - 316 (12page)

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Objective Betulaceae is a relatively small birch family that comprises about 160 deciduous trees and shrubs. Chloroplast (cp) genome sequencing of Alnus rubra and Betula cordifolia was carried out to elucidate their molecular features and phylogenetic relationship among species in Betulaceae family. Methods Chloroplast genome sequencing was carried out using next generation sequencing method. Molecular and genomic features of the two cp genomes were characterized with other cp genomes in Betulaceae. Also, molecular phylogenetic analysis was performed using the whole cp genome sequences. Results The average cp genome length was 160,136 bp among the Betulaceae species. Base compositions of the cp genomes were skewed toward a high AT ratio, with an average of 63.4%. We identified 117 different genes 83 with protein coding, 4 with ribosomal RNA, and 30 with tRNA. Eighteen genes contained introns which were conserved among the cp genomes of all Betulaceae. We mined 82 SSRs from the cp genomes of A. rubra, A. cordifolia, and A. nana. The SSRs were variable in motif repeat numbers and presence/absence among the cp genomes. Conclusion Chloroplast genome-wide sequence comparison from 11 Betulaceae species and one cp genome of evergreen oak revealed that the patterns of sequence variations were congruent with two subfamily classification Betuloideae (Alnus and Betula) and Corylaceae (Corylus, Ostrya, and Carpinus). Subsequent phylogenetic analysis also supports the subclassifications of these species.
#Beulaceae · Birch family · Betuloideae · Corylaceae · Chloroplast genome

목차

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Angiosperm Phylogeny Group / 2016 / An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants : APG IV / Bot J Linnean Soc 181:1~20 google schola Atkinson MD / 1992 / Betula pendula Roth(B. verrucosa Ehrh. )and B. pubescens Ehrh / J Ecol 80:837~870 google schola Bolger AM / 2014 / Trimmomatic : a flexible trimmer for illumina sequence data / Bioinformatics 30:2114~2120 Crossref Bousquet J / 1992 / Complete congruence between morphological and rbcL-based molecular phylogenies in birches and related species (Betuloideae) / Mol Biol Evol 9:1076~1088 google schola Chen Z / 2004 / Phylogenetics and biogeography of Alnus(Betuloideae)inferred from sequences of nuclear ribosomal DNA ITS region / Int J Plant Sci 165:325~335 google schola

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